(208年)入朝为官，被封为卫尉。马超的两个弟弟马休，马铁也被封奉车都尉、骑都尉，唯独马超留守凉州，被封为偏将军、都亭侯，统领马腾的部队，割据原来马家势力所在的“三辅”，依旧屯兵于槐里。
建安十五年(210年)，周瑜跟孙权提出攻占两川联合马超围攻曹操，但计策未实施就病逝了。
曹操派遣钟繇、夏侯渊率领军队出河东，试图经过马超等凉州军阀的领地进攻汉中张鲁，以马超、韩遂为首的关西军阀都怀疑曹操要攻打吞并凉州。
马超认为这是曹操的假道灭虢（guó）之计，于是联合关中诸将张横、梁兴、安定的杨秋、河东的侯选、程银、李堪、马玩、成宜等十部共十万人马起兵反曹，期间马超曾试图拉拢刘雄鸣势力，但遭到拒绝，被马超率兵击破，投靠了曹操。
马超为了拉拢韩遂，甚至对韩遂说出了放弃父亲并让韩遂放弃自己的儿子，把自己当儿子的话。
于是关中联军推举韩遂为都督，屯聚于渭河、潼关，建列营寨。
曹操派遣曹仁等前往拒守，因为忌惮精悍的关西兵，曹操下令让诸将坚壁固守，不要正面进攻，等待曹操大军的支援。
七月，曹操率领中原大军亲自西征，与马超联军在潼关夹关对峙。
曹操军驻扎在蒲阪，想要西行渡河，马超听说后对韩遂说，“可以在渭河北岸据守，不到二十天，河东粮食用尽，敌军便自行撤军了。”
但是，被韩遂的“半渡击之”的计谋代替。
曹操后来听闻了马超的计策后，感叹，“马超小儿不死的话，我恐怕连葬身的地方都没有了”。
八月，曹操从潼关北渡黄河，派遣徐晃、朱灵等率领四千人夜渡蒲阪津，马超知道后，派遣梁兴率领五千兵进攻徐晃，但被徐晃击退，徐晃占据河西设立营寨，曹操亲自率军从潼关北渡，前队刚过，曹操和许褚以及虎士百余人断后，马超突然率领步骑万余杀到，全军大乱，但曹操仍然坐在胡床上不起身。
许褚、张郃等将领，见事情紧急，将曹操架起带出船中，急忙渡河，马超率领骑兵在后边追边射，箭如雨下，曹操几乎丧命。
曹操部下虎卫军许褚一手用马鞍挡箭，一手撑杆，拼死救出曹操。
曹操帐下校尉丁斐在河岸放出大量牛马，马超的士兵顾不得乘胜追击，跑去抓奔跑牛马，马超控制不住，曹操因此才得以成功渡河。
曹操手下将领见兵败，又不知道曹操在哪，都非常的惶恐
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