以武略边，而且增置文官于幕府”。(3)“以边任经、抚，而日问战守于朝”，认为“将从中御”不妥。因此，他主张“今天下当重将权。选一沉雄有主略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上”
在天启的支持下，孙承宗在辽东开始了他的试行军制改革。可惜他的眼光并没有超出时代的局限性，他的重将权，结果却造就了辽东将门这个奇葩的军事集团。
简单来说，孙承宗的军事改革就和曾国藩的建军思想差不多，但是在军队实际建设上，孙却远远不如曾国藩切近实际。
孙承宗依靠的建军对象是辽东将门，他希望把这些将门扶植成为大明的边境屏障，但是最后就连他自己，都无法随心所欲的指挥这些军阀化的武人集团。
而曾国藩却依靠儒生作为下级军官，以乡党为纽带，以保卫名教为旗帜，自始至终都把湘军牢牢控制在自己手心上。湘军是曾家军，但是关宁军却不是孙家军。
所以湘军可以扑灭太平天国，弄出一个同治中兴的局面出来。而关宁军最后却做了满清的走狗，成了覆灭大明的罪魁祸首。
孙承宗当初因为柳河之败而自请罢官回乡，未尝不是看出了关宁军色厉内荏的本质。耗尽千万帑金训练出来的关宁军，居然不敢和后金军对阵，反而拖自己人的后腿。孙承宗心灰意冷之下，终于上疏求去。
经历过辽东之事后，孙承宗也明白了手上有一只可以信任的的军队是多么的重要。因此崇祯向他提出建立新军时，他只是踌躇了片刻，就抛弃了和韩爌的约定，放弃了争取蓟辽督师一职。
孙承宗的倒戈，让韩爌等东林党人顿时吃了一个哑巴亏，而刘宗周也很旗帜鲜明的支持，崇祯提出的精兵、实兵之策，在刘宗周看来，一切能节约朝廷支出的政策都是好事。
孙承宗接受了组建新军的任命，马上就向崇祯询问道：“那么请问陛下，新军的兵员从何招募，军饷如何解决，将官从何处调拨？”
崇祯不动声色的回答道：“正所谓将为军之胆，想要练军首先就要培养将官，一只军队没有敢打仗，会打仗的将官，又怎么会有敢于上战场的士兵。筹集新军不急，当务之急是先训练出一批带兵的将官。
我大明虽有武学、武举，但是这些人基本上不过是一群街头会打架斗殴的平常人罢了。让这些毫无军事经验的人上战场带兵，就是对士兵最大的不负责任。
因此朕打算废除武举制度，改以将官培训学校来培训带兵的将官，
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