走入港口的城镇内便能闻到浓郁的香料味道，荷兰人的逃离使得这些土人喜笑颜开，认为今年总算不用再向荷兰人缴纳重税了。当然，他们开心的未免太早了些。
舰队中的西班牙代表看到整个香料群岛毫无抵抗的落入到了东协手中之后，便立刻要求召开舰队评议会，成立香料群岛的代管委员会，避免今年香料贸易的税收流失。
原本目标就在于香料群岛的欧洲船长们，立刻便响应了西班牙代表的提议，对于继续南下进攻巴达维亚则失去了兴趣。
以为何昌旗代表的明海军将领自然不会认同这个短视的主张，双方从九月初争执到了九月中旬。直到张燮、李晨芳、许心素等人随着庞大的日本支舰队抵达了安汶岛后，这场争论方才告一段落。
张燮抵达安汶岛听说了争论之后，便撇开西班牙代表同英国、葡萄牙代表进行了秘议，随后三国代表便在评议会上修改了西班牙代表提出的代管委员会方案，否决了西班牙代表希望分割香料群岛的主张，认为香料群岛应当视为一个不可分割的主体，至于整个香料群岛的贸易税收及其他利益，应当在战争结束之后，根据各国在战争中的贡献交由东协会议进行讨论，而不是由代管委员会进行分配。
于是西班牙代表提出的建议，最终只是通过了一个设立香料群岛代管委员会的提议，这个委员会的权力也和西班牙代表的设想相去万里，且第一任代管委员会主席职务还落在了葡萄牙人的身上。
9月20日，关于香料群岛利益分配的争论告一段落，在明显占据了优势的中、英、葡三方代表的联手下，西班牙代表终于表示屈服，并赞成了南下进攻巴达维亚的军事计划。
在安汶岛上悠闲了半个多月的真田幸昌和毛利胜家等日本军校学员，再次登上了船只，准备跨海进攻巴达维亚。不过这一次他们就不是混在明军的队列中了，而是被李晨芳调入了麾下的大阪第二师团，恢复了他们联队长的职位。
此次日本出兵，虽然崇祯只是要求李晨芳调动一个师团的兵力就足够了，但是江户幕府听说之后也恳切的向叶雨轩提出请求，希望能够参与这场战争。江户幕府的这一行动不仅仅在于想要向大明示好，也是希望能够借助这场战争令江户幕府训练的新军见识下市面，在实战中了解下幕府新军同大明军队之间的差距。
因此日本此次出战的陆军兵力达到了近4000人，江户幕府派出的两个联队，加上大阪幕府派出的大阪第二师团。至于明军这边，也只是从台湾抽调出的一个陆军团
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