到吕宋岛总人口十分之一的华人，下一步的行动该是谋求夺取吕宋岛的统治了。因此在1603年，菲律宾总督和评议会的议员们，下达了对于华人的屠杀计划，在这次屠杀他们还煽动了自己治下已经改宗的土人。
崇祯三年之后，随着国和马尼拉关系的恢复，前往吕宋的华人移民再次兴盛了起来。只不过这次由四海贸易公司主导的移民，和过去自发的华人移民有了许多区别。四海贸易公司并没有把自己局限于为马尼拉提供服务的手工业和零售商业，而是把目标放在了租借土地开发面。
随着越南战争结束后，大批越南人被贩卖到菲律宾群岛，加四海贸易公司从日本招募的大批契约工人，到了崇祯十一年时，吕宋岛的总人口已经快速增长到了50万左右。其土人大约为35万不到，华人近3万，日本人超过2万4千，越南人约8-9万，西班牙人及混血儿、黑奴约2万不到。
这种剧烈的社会结构变化带来了激烈的外来人口和本地人口的冲突，在开拓吕宋岛的荒地之余，四海贸易公司显然不会避让已经有土人居住的土地。对于他们来说，这种已经开发过的土地显然更是节约了开拓的时间和人力。
而在这七、八年内，吕宋岛的新开田地，差不多达到了300万亩，即便是扣除了一部分强占的土人田地，新开田也占了吕宋岛原有田地的近五分之一。对于西班牙新任总督科奎拉及他从新西班牙带来的随从来说，这是一笔惊人的财富。算以10索一亩计算，这批田地也价值3000万索了，更何况这些国人手的田地大多是好的水田，每亩市价大约在15-20索之间。
科奎拉一边给前总督席尔瓦加了出卖王国利益这一罪状后，便积极的拉拢殖民地下阶层的市民，这些普通市民们显然没能从席尔瓦和国的贸易获得多大的利益，因此在他的鼓动下很快显示出了对于国人的敌意，随即将主张同国保持友好关系的议员和大庄园主们给压制了下去。
在科奎拉看来，四海贸易公司并不能代表国，而一场由土人掀起的叛乱，也足以将马尼拉从这场叛乱摘除出去。即便国皇帝想要兴师问罪，他也可以用土人叛乱作为借口，而马尼拉在平息这场叛乱后，从土人手夺取的田地和财物自然是不会归还给国商人的。依照1603年的经验，国皇帝对于这些前往海外贸易的商人其实并不是那么的看重，到时他只要向国皇帝服软道歉，应该能将这件事掩盖过去。
科奎拉一到马尼拉将前总督席尔瓦关押了起来，并对席尔瓦的亲信及原马尼拉评议会的议员
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