大明军队的组织和军功奖惩方面也有了许多变化。因为现在军队兵员的补充必需统一通过总参谋部进行调配，私下征兵的不仅不会得到总参谋部的承认，无法获得后勤上的补给，违规将领也会受到调任或是退役的处罚。
就连毛文龙这样独自开创一镇的军头，在总参谋部和兵部的不断揉搓下，最后也服了软，把一部分军权交了出来，自己跑来北京任职了，其他军队的将领就更缺乏同朝廷和总参谋部对抗的意志了。
掌握了一支军队的兵员补充、后勤供应、军官晋升，那么这只军队自然就无法再谈什么独立性了。耿仲明、孔有德这些辽东矿徒出身的东江将领，虽然还能同部下们谈一谈乡里之情，但是再想要像之前毛文龙一样，如臂使指的控制自己的部下，已经是不太现实了。
而对于大明的总参谋部来说，虽然总参谋部的官员们更乐意支持从头组建的新军，这样的军队更容易受总参谋部控制。不过毕竟大明的九边重镇并不是已经一塌糊涂的卫所军，这只边军系统还是有些战斗力的，想要把他们一并裁撤还是会引发诸多问题的。
为了确保能够尽量裁撤旧明军，而成立一支总参谋部能够控制的新军，那么自然就要制定一个裁撤和整编的标准。总参谋部制定的标准自然不是文官的自由心证，不过这些标准最终都是围绕着军队作战的表现而划分的。
也就是说，越是不能打不敢打的旧军队，就越是容易首先变为裁撤对象。而那些敢打又能打的军队，不仅会得到总参谋部在各种资源上的倾斜，也越是容易扩大编制。
当初蓟州之战中，面对八旗军保持实力的辽西诸军，现在大部分都被裁撤或是打散分入其他军中去了。倒是连战连败的满桂军，不仅第一时间被补充了损失的兵员，并首先获得了新军的番号。
东江镇的将士们于是发现，之前朝廷虽然给予了他们一定的优待，解决了他们的温饱问题，并大幅度的降低了他们出战的频率。可是在这种优待的背后，却是大明新军快速发展的十年，到了崇祯十二年，他们原本以为还不错的待遇，在近卫军和野战军的待遇对比下，就有些差强人意了。
在这样的局势下，东江镇将士也就从守住地盘的思想，开始慢慢转变为想要立功受赏，获得同野战军相同待遇的想法了。
在过去数年里，出于对自身安全的考量，东江镇将士把金州南山要塞区修的是固若金汤。但是他们也发现这也成为了一个问题，刚开始几年里，清军还不断来袭击骚扰，试图阻止他们修建这条地
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