清军的军舰就在江中，并且发炮攻打城墙，靠江的仪凤门已经被轰塌。这个传言让南京城里在次掀起了逃难潮，马铖一开始还派兵弹压，最后没办法只好杀了十几个闹事之人，才将城内的谣言将将压制。
虽然将谣言压制，但是马铖也知道清军渡江迫在眉睫，只是马铖还拿不准清军会选定那个地方渡江。而这时满朝文武除了马铖，还对长江天险抱有希望。虽然江北四镇投降，但是明军的水师可是半点没有损失，在长江上还有郑鸿奎带领的上百艘战船严阵以待。
可是让朱由崧君臣大跌眼镜的是，号称水战无敌的郑鸿奎，在一天之内就被清军打败，郑鸿奎带着剩下的残部从长江出海，逃回福建去了。
在五月初五端午节这天，清军终于来到长江北岸。五月初九豫亲王多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部，于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败明江防水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续满、汉官兵二十多万先后渡江。
到这时候南京城里都知道大势已去，五月初十这晚，朱由崧像往常一样在宫里听了半夜的戏，然后用密旨召马士英进宫。
马士英不知道这个时候皇帝找自己干什么，赶紧匆匆进宫，进入乾清宫就发现皇帝朱由崧已经换上一身青衣小帽，连身边的心腹太监尤二也已经换上普通人的衣装。
马士英一看就知道这个皇帝想要逃跑，马士英赶紧跪下劝说道：“陛下，现在城中还有十万健儿，未尝不可一战啊！”
朱由崧一边在太监的帮助下穿衣服，一边说道：“马爱卿，朕感谢你的从龙之功，但是现在南都城里这个样子你以为还能坚守吗？”
“陛下，但是出去能去哪呢？现在北虏已经渡江，南直隶马上就是一片火海！”马士英还准备在劝说几句，但是那知道人家朱由崧早已经安排好退路了。
“马爱卿，朕要去太平府，黄得功是忠义之辈，他还有数万人马，必定能护着朕南巡！马爱卿，你也回家准备一下和朕一同走吧！”
该说不说，朱由崧对马士英还不错，知道逃跑的时候带上他。马士英听朱由崧这么说也心动不已，事实摆在这里，留在南都这里要不投降要不就是死路一条。
朱由崧不管马士英心中怎么想的，反正他自己是要逃跑的。在太监为他穿好衣服后，跟着尤二出了乾清宫，会和太后邹氏，在四五十个健壮宦官的护送下，出了皇城，经过金川门出了城，趁着夜色往太平府方向逃去。
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