杨秀清的头脑还是清醒的，知道不能这么干，所以他明里暗里阻止洪秀全这样荒唐的行为，并通过天父下凡告诫他“千古流传之书不可毁弃。”使得洪秀全大规模改书毁书的计划胎死腹中，没能全面推广。
杨秀清是比较重视文化人的，他的麾下聚集了不少江南文人作为他的秘书。所以他毁和尚庙、尼姑庵等庙宇，但对文庙却从来不碰，因为他深知一个国家需要大量的文化人来建设。
第三、他把难以实行的《天朝田亩制度》搁置起来，还是按照原先收租子的办法往下面收赋税。如果按照洪秀全的办法，不但租子收不上来，还会闹出不少矛盾。
杨秀清作为实际的行政操作者，他对其中的困难太清楚了。但他这样的做法无疑也违背了洪秀全的宗教情怀。
可以说杨秀清的种种做法都在把太平天国世俗化，他要把天国打造成为一个世俗化的国家。
以杨秀清的才智，他不可能不考虑到天王洪秀全的反弹。
他身边的程学启也发现了杨秀清的担忧，所以他不失时机地对杨秀清说：“下官听说天王还在宫里研究如何修改史集，还对东王您取消禁欲令很不满。”
杨秀清脸色一变，没有说话。
“东王，要不要写个折子安慰安慰天王？”程学启试探道。
“不必了，这些做法顺应大家的意愿，都是为了天国好。”杨秀清并没有把天王放在眼里。
“可天王那边怨言颇多，下官怕天王万一对您产生怨恨，那。。。。。。”程学启开始挑拨东王和天王的关系。
“怕什么？还怕他对我怎样？”杨秀清不屑道。军政大权都在自己手里，就连宗教解释权也在自己手里，洪秀全在他眼里就是一个傀儡而已。
“毕竟天王在名义上还是天国的一把手，他真要对东王您不利的话。。。。。。”程学启暗示道。
如果说杨秀清对洪秀全没有一点防备，那也是不可能的。
所以他找了个时间上书洪秀全，让他封自己为“万岁”，来试探天王洪秀全。
洪秀全拿到杨秀清的要封万岁的请求，可以说是被杨逼到了死角，天国实际的权利几乎都被杨秀清拿去了，想不到他连自己名义上的称号也要拿走。
这个时候洪秀全可以说是对杨秀清动了杀机，认为杨秀清迟早要对自己下手，取而代之，但他没有立即发作，而是暂时忍耐，准了杨秀清万岁的称号。
另一方面，杨秀清以为洪秀全是真怕了自己，任
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