就是要用最小的代价，尽快把红夷歼灭。如今对红夷这一仗，没有像原本的历史上，和郑成功一样用围困的方法，耗时耗资而打败红夷，这就节约了很大的兵力和物资了。
“陛下，已经确认，红夷总督普特曼斯的旗舰在逃走的三艏战船中。”刘金生在过了一会后，又马上向崇祯皇帝禀告道，“海面堵截有空隙！”
他这隐隐的意思，就是说郑芝龙失职。
但崇祯皇帝见了，却并没有做出他所希望的事情，反而回答道：“无妨，回头发出告示，晓瑜天下，并传南洋，宣布红夷总督之罪责，我大明誓必将所有在大明犯罪之红夷，绳之於法。”
这其实也就是“犯大明天威者，虽远必诛！”的海上版本，台湾的红夷，老巢被端，主力被歼，已经是达到了作战目标。而逃走的三艏战船，又刚好成了大明以后出兵南洋的借口之一，这种情况，对于目标长远的崇祯皇帝来说，其实是乐见其成的。
几天以后，朝廷宣布在台湾设县，在岛上的所有逃民，凡自觉在限期内往县治所在登记造册，则往事一律不再追究。如果是换了以前，官府贸然登岸，宣布这策的话，怕是会引来逃民的反抗。可经过了红夷的事情后，岛上的逃民，已经深深地知道了一个道理，官府虽然收税，却能保护他们。如果没有了官府，他们只是待宰的羔羊而已。有了陈明等人的现身说法，朝廷在台湾设县治的事儿，推进地非常顺利。
于是，在福建巡抚的管辖下，又正儿八经地多了一个台湾县。
至此，大明东南沿海，海盗都逃亡南洋，几乎绝迹，而红夷也被大明水师歼灭，剩下的海上武装力量，在澳门的佛郎机人，在见证了大明的水师力量，见证了红夷的下场之后，表现得很乖！
于是，李芝奇的登莱水师，在南洋返航的粮船到达之后，就护送着粮船返回北方。
在这其中，台湾一战，论功行赏，有郑芝龙的人担任了登莱水师中的中级官职，也有李芝奇的手下担任了福建水师中的中级官职，互有混杂。任何人一看就知道，这是朝廷防止一家独大，混编起来有利于控制。对于李芝奇和郑芝龙来说，他们肯定是不希望这样的。可朝廷这么做，他们也没有办法。更何况，在两个死对头的身边，都有对方最亲近的人跟着。平日里如果想凭借手中权势刁难那些混调过来的人，也不会那么容易。对于这种情况，也只能是认了。
解决了大明东南沿海的海盗问题，三省总督孙传庭的奏报中，明显提到了大明海商在增加，海税的收入，
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