后的景泰时期，于谦实际掌握兵部的军政权、五军都督府的军队指挥、管理权，权力大于天了。
这种背景之下，就算明英宗不复辟，相信于谦也不会善终，因为他手中的军权太大了。不过也是因为于谦的这一番操作，五军都督府职权益衰微，最终成为了一个闲职衙门。
不过在崇祯朝，之前的时候，崇祯皇帝其实已经从兵部揽回一些权力，让五军都督府不再成为以前的摆设。但这个事情，并没有明面上来说。
如今，崇祯皇帝新增海军都督府也就算了，还要把五军都督府合并为一个都督府，这让其他文官听了，也是眉头一皱，都有点不喜，甚至有几个人也想出列奏对了。
不过崇祯皇帝并没有给他们说话的机会，立刻回答申用懋道：“如今国情已不一样，此一时彼一时也！太祖当年，大明东南西北还都有蒙元余孽，还要征讨各地叛逆。军事行动频繁，因此把全国划分五地，分归五军都督府统领。可如今，大明版图已经大不相同，且国内已无敌人可言，再分五军都督府已无必要。申卿以为呢？“
虽然崇祯皇帝好像是问申用懋意见了，可他却压根没给申用懋机会，紧接着立刻用斩钉截铁地语气说道：“基于大明如今的情况，都督府就如此改制了。不过朕决定在陆军都督府下面，要再另设西域都护府和西南都护府，专职对付沙俄和莫卧儿帝国。另外，朕再次强调，都督府领统兵权，而兵部领调兵权，权属不得混淆。“
所谓统兵权，就是统领军队，对军队进行训练等日常事务，简而言之就是统领军队的权力。而调兵权，就是遇到战事，皇帝下旨给兵部让其调兵，给某位将领统兵，同时发给印信。战事结束，统兵官缴印于朝，军队则各回驻地。
统兵权与调兵权的分离，保证了军事权力的分离，防止了拥兵自重的可能。
申用懋一听，兵部的权力似乎要回到从前去了。要知道，兵部的调兵权，也是皇帝下旨之后才有的。他有点急了，正要说话时，崇祯皇帝却实在霸道，还没给他说话机会，已经又在说了：“各军之中，需按新军军制，各级之中皆须有监军。不过以后师监以下的监军，则由兵部选拔委派。”
涉及到全国军队，就算把所有内廷宦官都打发去当监军，估计也是不够的。更何况，要当监军的话，也是有要求的。要能识字，要能做思想工作，要忠君爱国，不是随便一个宦官都可以的。
因此，崇祯皇帝就准备把监军的选拔工作，丢给兵部去搞，以此来解决监军不够的问题
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