动天草四郎和他身边的那个外国传教士的，然而天草四郎以及汤若望所宣扬的教义越来越使得德川家光意识到对自己统治的威胁，尤其是教义中的原罪意识、上帝面前人人平等、一夫一妻制度等思想观念，不仅与幕府赖以维系思想统治的佛教、神道发生冲突，还侵蚀和削弱着封建幕府的统治的政治基础。
后水尾天皇可不这样想，天皇家族已经数代被幕府所控制，在他的骨子里凡是和幕府作对的大概都是好的，他不再沉迷于和歌与佛道，而是请汤若望给自己传授起天主教来，并且动员自己的女儿明正天皇也来取经。
这种举动让德川家光感到了危机，但是对于这场瘟疫以及对付瘟疫最有办法的天草四郎他一时还没有想到更好的办法，不管怎么样任其这样发展是绝对不行的。
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