威慑力，但是时间一久兵员不足的劣势便暴露无遗。在印度的几个要塞总是受到当地人或阿拉伯人的围攻，日后马六甲等地也受到了荷兰人的骚扰。要维系这些要塞的所有开支都必须从海外贸易的收益中支出。东方商品的成本一下子就高了起来。这还是能为王国带来收益的地方；超级鸡肋北非更是困难重重，几个据点不断受到摩尔人的压力。
得到了来自东方的财富之后，国王曼努埃尔开始变得挥霍无度起来。用来自印度的黄金，他在里斯本建造了一座庞大而豪华的修道院：杰洛尼莫许修道院（Mosteiro dos Jerónimos，应该是为一个叫做圣耶罗米[S. Jerónimo]的教团兴建的）。这座修道院的完工标志着新的建筑式样的出现。这种建筑风格的装饰以海洋为主题，窗户周围和廊柱上雕刻着海浪、贝壳、远航的船只、航海仪器、远方奇异的海洋生物和植物等等。因为这种建筑风格始于曼努埃尔统治时期，所以被称为“曼努埃尔风格”（estilo manuelino）。今天这座修道院里面安放着四个人的遗体：第一个到达印度的航海家瓦斯科·达·伽马；撰写史诗歌颂葡萄牙人远航事业的葡萄牙文艺复兴时代最伟大的诗人路易斯·德·卡蒙斯（Luís de Cam?es）；十九世纪葡萄牙作家、史学家亚历山大·艾尔库拉诺（Alexandre Herculano）；以及二十世纪葡萄牙文坛上最伟大的诗人费尔南多·佩索阿（Fernando Pessoa）。
国王还改变了若奥二世时期对犹太人相对宽容的政策，下令所有犹太人必须改信天主教。这批被迫改变信仰的犹太人被称为“新基督徒”，他们的悲惨经历成为几个世纪以来葡萄牙文学的主要题材之一。伟大的荷兰数学家、哲学家，犹太人斯宾若沙的父母当初就是从葡萄牙逃难来到的荷兰。但是另一方面，在前任国王若奥二世的遗孀莱奥若尔的倡导下，于1498年在里斯本成立了以救助穷困为目的的慈善堂，并很快推广至帝国的每一片殖民地。该系统成为了现代社会保障系统的前身。澳门的慈善堂至今还在新马路市政厅广场上。1521年幸运儿曼努埃尔去世了，葬在了杰罗尼莫修道院。
继位的若昂三世是狂热的天主教信徒，在他任内耶稣会的组织正式进入了葡萄牙。后者藉着在东方的优异表现迅速取代了圣方济各会，成为海外传教活动中的中坚力量。为了培养传教人才，他还将数度易址的里斯本大学永久性的迁到了科英布拉，并从欧洲各地聘请了大批的有水平
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