山之岛，山地占有整岛约75%，平均高度超过1000米。气候上以日本下雨最多的地方闻名，有一句当地俗语称为“一个月下35天的雨”，在日本降雨纪录上，屋久岛一天的降雨量曾与北海道全年的降雨量相同。
屋久岛是一处方圆501平方千米的圆形岛屿，在鹿儿岛以南耸立出海面，位于九州岛的南端。
屋久岛山构成中九州山脉的一部分，最高点宫之浦岳海拔为1935米，高过九州境内的其他山脉，是日本南部最高的山脉，另有几个山峰超过1800米，自海滨到山巅的地势非常陡峭，岩床巨大，较小的沙石和页岩在山脚也可见到。1000米以上山峰有30多处，从滨海到山颠垂直分布着从亚热带到亚寒带的各种各样的植被。
屋久岛年降雨为4000—10000毫米，植被类型区别显著，从滨海至山颠的一处107平方米的地带约占了岛屿的五分之一，于1993年10月被列入世界自然遗产。气候从亚热带、温带、寒温带到亚苔原带逐渐变化。年平均气温在20度左右，空气湿度在山顶可达零度以下，冬季降雪是很平常的。年平均降水量很高，随高度和地理位置改变，海滨降水在4000毫米，内地降水在10000毫米左右。湿度也很大，平均73－75%，雨季超过80%。
与岛屿的面积相比，这里的植物物种显得格外丰富，约有1900个种和亚种分布于此，94种是本地特有的，200多种植物是处于其分布地域的最南界；该区动物多种多样，有16种哺乳动物，4个亚种是此地特有的。传统认为此山有神灵的存在，屋宇杉被认为是神树。地区内只有猎人所取的道路和两处茅屋。屋久岛的森林已被生物学家仔细地研究过。
诸多因素导致了独特的森林地区包括屋久杉（屋久岛的本地杉）的产生。亚热带植被从滨海延伸至200米处的山坡，包括各种树木，尤值一提的是高大的榕树。沿海岸地区具有广泛、多样的亚热带树木；在200－800米（656－2625英尺）的气候温和地区，多长着甜橡树和长青橡树；这一地带往上至1600米（5249英尺）处，就是久负盛名的屋久杉的所在地，屋久杉慢杉树的一种，据估计有3000—3500年树龄。其中一棵杉树，据测有7200年的树龄，树身周长16.4米。这些古老的杉树无疑在生物学和生物形态学上都极有价值，它们还为一些濒临灭绝的鸟类，如琉球知更鸟和伊豆画眉的栖息地。温和地带的栎木例如冷杉，高山下的植物例如杜鹃花，这些不同树种形
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