明军以打死1200多名葡萄牙人、生俘近2100人的战绩，占领了马六甲。大明征服马六甲后，对原来的葡萄牙建筑没有损毁。
圣保罗教堂由葡萄牙人于1521年建立，是欧洲人在东南亚修建最古的老教堂。因著名传教士圣方济埋葬于此，教堂前竖立着一个没有右手的圣方济雕像，基督徒们将其视为神明来祭拜呢，大明占领马六甲后，也曾把圣保罗教堂当作城堡使用。
由于建在高地上，游客们在观光圣保罗教堂时也能顺道俯瞰马六甲市。现在教堂内竖立着一块块写有拉丁文和葡萄牙文的石板，这就是当年葡萄牙贵族们的墓碑。可以说这座圣保罗教堂见证这马六甲风云变换的历史，站在宽大无顶的教堂内，可以静静感受岁月留下的痕迹。
建于三保山上的三保庙，是为了纪念郑和，这位对马六甲发展有着重大贡献的航海家而建的。在郑和七下西洋期间，曾多次到访马六甲。
三保庙采用大明的建筑风格，据说所有的建筑材料和工匠都是从大明引进的呢！三保庙内院子里有一座郑和像，气宇轩昂，尽显郑和的英雄气概。
第二天，柔佛苏丹阿拉乌丁二世也向明军投降了。作为最强大的海军力量拥有者大明帝国，开始向马六甲以及马来亚诸岛移民。
为了给马六甲这条黄金水道打上大明军队永久占领的印记，大明不远万里运来红色的砖石，沿着马六甲河口两岸修建了一组组大明特色的红色建筑，或做为大明学校传播文化，或做为大明衙门行使统治权力，如今这一座座被称作大明县衙的建筑，历经数百年岁月风霜的洗礼，依然矗立在马六甲河口，仿佛向人们诉说着它昔日的权威和辉煌。
大明控制马六甲海峡后，采取了更加强硬的手段，要求过往商船缴纳通行费。许多南下的商船为了逃避巨额“买路钱”，不得不避开马六甲海峡，绕道苏门答腊岛南部，使得进入马六甲海峡的商船减少了许多。
马六甲河口常年泥沙淤塞，原有的深水良港，已不能停靠大型船舶了，经过马六甲海峡进入印度洋的商船就更少了，渐渐地昔日商贾云集、千帆竟渡的马六甲失去了曾经的繁华和兴盛。
这时，大明的官员对马六甲江河日下的港口贸易早就失去了兴趣，将目光转向了漫山遍野的原野，他们种植了大量的橡胶林。同时，开发被称为“黑金”的锡矿，为了弥补当地劳动力的不足，大明从中原等地大量移民，并从南北印度行政区雇佣了大批劳工，对马六甲的自然矿产资源进行开发和开采
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