期间，耶路撒冷变成了一个基督教中心，建造了圣墓教堂。当时，虽然仍然禁止犹太人居住耶路撒冷，但他们已经开始在每年的埃波月九日来到西墙前哭泣。在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市在基督教势力中得到了很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。
638年，阿拉伯帝国的第一个征服目标就是耶路撒冷。虽然他们的神使书中从未提到过耶路撒冷，但绿教传统认为，绿教圣人是在耶路撒冷升天接受神使书的。于是，在691年，阿拉伯哈里发阿布杜勒?马里克在登霄石，即圣殿山圣殿的原址上建造了圆顶绿教寺庙。
传说在这个地方亚伯拉罕准备以他的儿子作奉献祭，犹太人认为他奉献的是小儿子以撒，绿教徒认为他奉献的是大儿子以实玛利。三个世纪后他们又在这里建造了阿克萨绿教寺庙。在绿教徒统治初期，在宗教上比较宽容，住在耶路撒冷的基督徒和犹太人在缴纳人头税后，可以获得自治权。但11世纪初，埃及的哈里发下令摧毁耶路撒冷所有的基督教堂和犹太会堂。
1099年，第一次十字军包围了耶路撒冷，一个多月后的7月15日，耶路撒冷被十字军攻占。十字军进城后，屠杀了城内大多数绿教徒和犹太人。
此后到1291年，十字军建立了耶路撒冷王国，绿教徒不准入城。1173年，一个来到耶路撒冷的人写说，耶路撒冷是一座小城市，充满了东正教教徒、亚美尼亚人、希腊人和格鲁吉亚人，只有200名犹太人住在城市的一角。1187年，埃及绿教君主萨拉丁又重新占领了耶路撒冷。1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁，1228年-1229年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织了第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，得到耶路撒冷。1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模在逃亡途中占领耶路撒冷，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。1247年，花剌子模被埃及人驱逐，1260年，埃及奴隶骑兵马木鲁克夺取该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。1482年，一个来此访问的多明我会教士说耶路撒冷是一个“几个不同的民族生活在此的城市，它是所有罪恶的集合”。作为罪恶他列举了撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正教徒、景教徒、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、玛洛尼教徒、贝督因人、刺客、绿教徒和“最
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