但是军机大臣还是有阁臣担任，未必真能绕开内阁，而绕开了司礼监，则是实实在在的，这是李国鐠所乐见的。所以他起身行礼说道：“臣也认为可行。但是唯一可虑者，即是军机大臣的权威是否过重，军机处会否使内阁的权威旁落。还请陛下明鉴。”
朱大明一看这个李国鐠确实是明白人，看了施凤来、张瑞图两人也是一副颇为关心的表情，于是说道：“李爱卿所虑也有道理，但是天下万事，皆取决于朕，军机大臣权威再重也是由阁员文臣担任，必不会有大权旁落的危险。而内阁依旧帮着朕总揽天下政务，军机大臣在政务上仍是内阁的一员，政务不掣肘军务已属难得，军机处只是为朕参谋军机的地方，朕也不打算让军机处成为一个衙门，军机大臣由阁员文臣出任，军机处其余人等，则从六部、督府、京营及九边抽调组成，不增官吏，不增俸禄，只管军务，不涉政务，怎会令内阁权位旁落？卿等多虑了。”
听皇帝说完这些，放了一点心的施凤来很快站起来说道：“陛下英明，臣无异议。”张瑞图自不用说，也立刻附议。这样一件在朱大明看来举足轻重、可能颇费周章的事情，这么快就定下来了，顺利的有点出乎他的意料。
至此，朱大明赶紧快刀斩乱麻，几人就军机处的职权、章程商量完毕，就由内阁中书舍人立刻拟旨，送司礼监用印，然后送通政司知晓，今后凡是军务一律送设在武英门内的军机处，报皇上处置，从而在事实上算是绕过了内阁和司礼监，皇帝通过军机处直接掌控和处理军务。
更为出乎朱大明意料的是，朝臣们对成立军机处这件事的关注度，远远没有对公开查办朝中阉党的关注度高，特别是对于皇帝下旨，由背负着阉党嫌疑的李国鐠牵头负责查处朝中阉党，很多自诩为朝廷清流的御史言官纷纷上书弹劾李国鐠，说他本人就是靠着魏忠贤的提拔而一步步升上高位的，以他为首查办阉党等于是让阉党自己查自己，怎么可能把朝中的阉党清理出来呢，更别说清理干净了。
仅次于此的一个热点，就是施凤来、张瑞图仍然在位，皇帝不仅没有罢免这两个阉党，而且还有继续重用的迹象，特别是贾继春这个前阉党御史，只是因为上述弹劾自己之前的恩主，并置其于死地，就得到了皇帝的青睐，升任都察院副都御史，让有些官员羡慕嫉妒恨得够呛。
当然也有一些官员上书劝谏皇帝，批评皇帝乱设机构，说现在朝廷国库空虚、国用紧张，皇帝不考虑裁撤冗兵冗员冗费也就罢了，反而增设机构，增加开支，实在是舍本逐末，有违圣
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