有明一代还在淮安、济宁、天津、通州四个地方设置了专职的巡漕御史，一方面配合漕运总督管理漕运事务，另一方面则是监督纠察包括漕运总督所有漕运官员们的一举一动。
这种权力的分散与制衡，在正常情况下是非常必要的，毕竟漕运对于迁都北京的大明王朝来说实在是太重要了，而漕运总督的实际权力又非常大，没有一定的相互制约，皇帝和朝廷是不会放心的。
但是现在却不是什么事情都可以按部就班进行的平常时期了，眼前的大明内忧外患，是典型的非常时期，对于这一点，宦海沉浮数十年的袁可立早就意识到了，而来自后世的崇祯皇帝，当然也意识到了。
都察院的长官左都御史李标提出过重设四位巡漕御史的建议，但被崇祯皇帝否定了。
正如鹿善继整顿盐务一样，要整顿事关重大的漕运事务，除了皇帝要给予漕运总督袁可立充分的信任之外，还有一条就是不能给他故意设置任何障碍。
所以，袁可立上任之后，四位巡漕御史也都全部废而不设。
不仅如此，在袁可立重建漕运总督督标和漕营的问题上，崇祯皇帝也是全力支持，除了亲自安排王公略前去帮助编练和统带漕营之外，对袁可立提议调用的人选，也是全都批准放行，比如严正中和袁进。
这两个人，之前曾是袁可立巡抚登莱之时提拔任用的亲近麾下，此时也都从登莱调任到了漕运总督衙门，严正中负责三千督标的编练重建，而袁进则与皇帝安排过来的王公略一起原来漕营人马的拣选和编练。
除此之外，袁可立亲信家丁出身的袁彪，袁可立的长孙袁斌诚，以及袁可立提拔起来的许定国等人，也纷纷被任用到了一些关键的位置之上。
但凡是袁可立提出任用的，崇祯皇帝一概同意，所以在不长的时间之内，袁可立就在漕运事务方面，树立起了绝对的权威，除了新练督标和整编漕营以外，万历以来常常因为旱涝灾害和疏于养护而淤塞的大运河，也因此得到了一次前所未有的清淤和治理。
同时，袁可立主持的漕运总督衙门，也对京杭大运河上的钞关进行了清理整治。
运河上所谓的钞关，就是朝廷设立的征收运河通行费的税关。
朝廷管理大运河的航运，负责维修养护，设立税关收取通行费用，也是应当应分的。
不过在明朝的时候，很多事情就是这样，初衷虽好，但一到后来就变坏，甚至变得与初衷背道而驰。
因为运河航运繁盛，设
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