魔法禁书目录世界，某高中，上条当麻所在班级的教室里。
讲台上，有着可爱的粉色头发的小萌老师正站在一个小凳子上，踮着脚为学生们讲课。
名为上条当麻的刺猬头少年坐在教室斜后方向的课桌前，盯着自己眼前不远处的，一个有着白色头发的少年。
白色头发的主人是一个残杀了一万人以上的恶棍——这是他在不久之前对自己的评价。
他的代号是一方通行，君临整个学园都市二百三十万名学生的最强超能力者，转到这所毫无名气的高中之前，就读于五大名校之一的长点上机。
上条当麻曾经想尽力改变一方通行对自己的评价，但是最后似乎也只是让他觉得他这个恶党拥有的名为“矢量操控”的超能力除了纯粹的破坏之外，还拥有拯救其他人的能力。
他终究还是没有将恶党的定义从自己身上取下。
“事情为什么会突然发展成这个样子呢？”
自觉已经同一方通行成为朋友的上条当麻，看着转学而来的朋友，深深地叹了一口气。
并非觉得不高兴，或者觉得麻烦，纯粹只是因为上条先生无法理解一方通行转学的逻辑而为此感到头痛。
几天前，刚刚开学的上条当麻在经历了来自“必要之恶教会”的魔术师雪莉·克伦威尔入侵学园都市的事件后，惊奇地发现一方通行已经转入了他所在的学校，成为了他的同学。
这其中的逻辑他到现在为止都没有弄清楚。
一方通行的家已经被不良少年们毁掉了，就算他自己能够忍受，但是他不可能带着最后之作在一个已经破败不堪的房子里长久居住。
就在上条当麻头疼该怎么办的时候，机缘巧合之下，一方通行和最后之作被现在正站在讲台上踮着脚讲课的小萌老师收留了。
虽然不知道兴趣是帮助离家出走的歧途少女的小萌老师为什么会收留一方通行，但是这确实是一件好事。
不过一方通行转学和被小萌老师收留这两件事之前其实并没有逻辑上的关系。
据一方通行本人所言，早在他被小萌老师收留之前，他就已经递交并通过了转学申请。
上条当麻觉得这份No.1的转学申请能够被通过，有百分之五十的可能性是亚雷斯塔在搞鬼。
他现在既不明白一方通行为什么要转学，也不明白亚雷斯塔为什么要同意。
问一方通行，得到的回应是“由于原本的学校和实验有关，所
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