漕军可以说是明朝各种军队中最为重要的一支部队。
历史上李自成能如此迅速地攻破北京，除了瘟疫、兵灾的影响之外，还有一条就是明末漕运败落。
当时入京漕粮仅剩百余万石，是原额规定的四分之一，在明末大鼠疫的横行下，这些漕粮根本不足以供给京师已然奄奄的官民反击外敌。
漕军最初建立于永乐十三年，到成化年间终为定制。
漕军沿用了卫所制，设置了与指挥使、指挥、千、百户、总旗相对应的把总、帮长、甲长等官职。
一甲长管运船五艘，运军五十名，每船设一旗甲，下属有纲司、文簿、拦头、圆牌及牵挽运军若千名。
朝廷建漕军，意在以军法结漕法，在运粮过程中，各船实行军伍连坐，甲不准越帮，帮不准越卫，卫不准越总。
此外，还专门立了漕军佥补则例，运军因老疾病故需补充者，应于操备、屯田正军中选补，正军不足，方许点补余丁。
漕军的编制共有十二总，在经过张居正于万历元年的改制后，万历十六年的漕军编制分别为南京锦衣总、旗手总、上江总、下江总、淮大总、扬州总、中都总、浙西总、浙东总、江西总、湖广总和山东总。
与之相应便是晚明的长运法。
其实平心而论，晚明的长运法在元明清三朝漕运制度中对百姓的负担是最轻的。
漕军制在明朝总共经历了三个阶段。
一是支运法，支运法下由粮长和漕军共同承担运粮的责任，一般是粮长承担四成，漕军承担六成。
二是兑运法，兑运法下需要粮长就近将粮食兑给卫所，然后提供运费，再由漕军承担长途运输。
这么一来，百姓只要付了运费，就省去了长途运输的麻烦。
三是长运法，长运法下漕军直接到江南有粮的省份运粮，百姓连运输粮食到卫所的奔波都免去了，直接交付给漕军由他们运输，同样需要支付一定数额的钱粮作为运费就可以了。
所以理论上来说，晚明百姓对漕运的负担只有规定数额的粮食和运输费这两项。
朱翊钧的想法是这样的，漕军是现成的人手，十二万人的军队，迅速开凿一条胶莱河那还不是绰绰有余？
且漕军由漕运总督监督，山东地方官员既不愿管事，那正好无功无过，乐得清闲，当然不会反对皇帝用漕军开河。
八省的百姓原本要负担张诚口中那般多名目的苛捐杂税，现在漕军去开海
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