努尔哈齐想钻苑马寺的空子是有凭据的。
到了晚明，马政已然分成了中央和地方两套系统，在地方马政中，辽东和其他地方又不是同一个行政体系。
早在洪武年间，朱元璋就在辽东等重要边地设立“行太仆寺”作为管理马政事务的独立机构。
至明成祖即位后，不但开始在内地积极鼓励民养官马，又在边地实行集中官牧的办法，特立苑马寺以保障军马的供应。
永乐年间，辽东苑马寺定制为下辖六监、二十四苑，经过三次迁移后，于嘉靖三十一年定位盖州。
苑马寺及其下设的监、苑作为明廷专门设立的组织军士孳牧马匹的管理部门，其主要管理的对象为马匹和相对于马匹数量较少的牧马军人。
以行政系统而言，辽东苑马寺与行太仆寺都直接听命于兵部，与明朝在中央设立的太仆寺无隶属关系。
且它们被建立的出发点都是为辽东边疆马匹之足用提供制度上的保障，因此，辽东仆、苑二寺所管理的马匹都是为辽东边疆广大的卫所军队服务，和中央京营以及其他地方的军队也并无直接关系。
辽东仆、苑二寺作为辽东边疆两个互不统属的马政机构，其职责范围可谓是分工明确的。
行太仆寺作为边区马政的具体负责部门，管理各卫所之军马从生产到使用的整个过程，而且在其监管下从事牧马活动之军人，也全部是辽东各卫所之卫军。
由于卫军的主要任务在于戍防，因此对于养马之责，只能是其从事防御工作中的一项兼职任务。
到了晚明，辽东行太仆寺对于监管各卫所孳生马匹这一项职责已不再发生作用。
而对于苑马寺来说，它的建立是明成祖有意在边区开辟马匹生产中心之举，是明廷特别设立的实行大规模集中孳牧马匹的管理机构。
它独立于各卫所之外，其下设立各监、苑，自成体系，并且作为辽东苑马寺管理下的牧马军人，世代户籍都从属于苑马寺，属于负责孳牧马匹工作的专职人员。
但由于辽东位于苦寒之地，是明代遣戍罪犯最重要的一个地区，苑马寺牧军最主要来源是因罪被发配到辽东的“恩军”。
因此苑马寺自设立后很长一段时间内不受明廷重视，其所属大小官员地位十分低下。
而到了嘉靖后期，辽东的军事形势不断恶化，辽东苑马寺也严重衰败。
原来只负责主持马政的苑马寺卿兼任为兵备道一职，此后，辽东苑马寺卿的职
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