割了部分府、卫给甘肃外，陕西下辖其他州府基本不变，省城依旧定在西安。
不过，吕大器作为陕甘总督，却是带着其督标镇驻防于平凉府固原州这个原大明三遍总督的老治所。
由此，此番军务会议，命辛思忠所领第十六镇驻守肃州，并整编甘肃旧官军为一镇卫戍军协防。
令李过领第十五镇驻守甘州，令李仁所领第十七镇驻守西宁府。
又令贺珍所领陕西卫戍军驻守庄浪府。
再令王复臣所领第十八镇及陕西卫戍军罗岱部，驻守宁夏府。
至于原来驻守宁夏府的牛成虎部，则被整编成一镇卫戍军，调往甘肃协防甘州。
延绥府则有高一功、孙守法各领一镇陕西卫戍军驻守。
原陕西卫戍军还剩下白广恩部及一镇新编卫戍军（主要由北伐之战中收降的陕西义军、绿营兵组成）。
白广恩在北伐之战后便上奏，希望能告老还乡，解甲归田。
朱媺娖自然是允了，并封了个骑都尉（非世袭）的爵位，以表示其并非刻薄寡恩之辈，而是宽宏大量——毕竟白广恩曾降李自成。
正好成都军事学院那边原顺军降将刘汝魁、牛万才终于毕业，于是便被委任为这两镇陕西卫戍军的副总兵，代理总兵之职，有功劳后再转正。
其他北伐时归属吕大器麾下的张广才、冯双礼、马元利部，都属于四川卫戍军，因为和硕特汗国对西康地区的入侵，使得四川西部边防形势紧张，这些四川卫戍军都被调回去了。
当初归属于李定国麾下的王祥、白文选部重庆卫戍军，也被调回了重庆，负责镇守地方，毕竟重庆土司也不少，且地理位置重要。
根据吕大器最近传来的奏章，其派刘汝魁部驻守洮州，派牛万才部驻守岷州。
因为这两地都和青海接壤，虽然靠近大明的多是一些归附土司。
但这些土司并不如四川、重庆那些土司一般听话，再加上固始汗势力如今在西部如日中天，这些土司究竟心向固始汗，还是心向大明，很难说。
所以，与青海接壤的洮州、岷州还是很需要驻军的。
为了令甘肃各军镇可以互相合作，此番军务会议还命李过代理提督甘肃军务之职。
李过及甘肃、陕西各军镇总兵都受吕大器调遣。
相较于以前的大明制度，减少了巡抚统兵这一节。
但甘肃也是需要巡抚的——如今朱媺娖还在为甘肃巡抚人选发愁呢
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