缅甸遇害之事，数痛并袭，他一病不起，于五月初一日病逝在东都。
郑成功病逝那会儿，郑经率军在思明驻守，留在东都郑家大本营的，是郑成功的弟弟，郑经的叔叔——郑世袭。
郑成功一死，提督马信及黄昭等镇守在东都的部将，以郑经“乱伦”，“不堪为人上”等理由，拥立郑世袭为东都主、代护理招讨大将军，没过不久，马信等人相继病故，当上东都主的郑世袭以黄昭、萧拱宸为心腹，图谋自立，而他的另一名亲信蔡云则假借郑成功的遗言，拥立郑世袭继位，布告四方，说郑世袭才是东都之主，同时排兵布阵，做好了和郑经开战的准备。
五月十四日，接到郑成功病逝的消息，户官郑泰、兵官洪旭、工官冯澄世和提督黄廷、参军蔡鸣雷等请郑经在厦门嗣位，称世藩，发丧办事，郑经坐上了延平王的位置，虽然有了名头，但就实力来说，郑经和镇守在台湾大本营的叔叔差距很大，毕竟，由他率领驻守在思明的军将，只占郑家军中很少的一部分，郑家的底子，主要在东都。
至此，郑家叔侄为了争夺王位，必将一战，郑氏内部的矛盾进一步激化。
同年九月，清廷这边的靖南王耿继茂、福建总督李率泰利用郑家叔侄相争这个难得的机会，派了官吏前往思明招抚郑经，要求郑经送还其攻取的州县印信，许诺归还印信后，为郑经奏请朝廷，将其部众按投诚官员照例补用。
接到大清朝廷的招抚之际，正是郑经急欲平定内乱之时，于是，他和郑泰、洪旭、黄廷等密议此事。
经过深思熟虑，郑经道：“东都才拿下来两年，先王陡然逝世，又有萧拱宸、黄昭等人制造内乱。清廷闻信，一再派遣官员招抚于我。顺从他们，有负先王的宿志；拒绝他们，战争则迫在眉睫。内外交困，实在太危险！不如，我们就以暂借招抚为理由，拖延些时间，待平定内乱，再作打算，诸位以为如何？”
“妙啊！”洪旭第一个大叫好，他道，“与满清鞑子就不用讲什么信用，王爷这‘阳和阴违’的计策甚好，等咱们拿下了东都，内乱平定之后，再与清廷翻脸不迟。”
其他诸将也对此深表赞同，商议之后，郑经命杨来嘉等为使臣，将郑家攻下的十五座州县所所属大印送还给了清廷，取得信任，为自己这边争取了宝贵的时间。
同年十月，在认真准备部署之后，郑经命周全斌为五军都督，陈永华为咨议参军，冯锡范为侍卫，率舟师五千，启锚东进。仅留了洪旭和郑泰留守思明。一方面，他派兵积极进
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