凌云翼不是要全面反对王崇古，他是要清除积弊，让官厂更好的发展，这份奏疏很长很长，在奏疏的开篇，凌云翼肯定了王崇古的贡献。
万历初元，国势凋敝，天下有危亡之象，文成公仰承圣谟，荷剪河山，兴百工以实仓廪，创官厂而利民生，栉风沐雨，十有又六载，肇基新政大业，厂舍鳞次，学堂弦诵，药局施仁，水厂惠民，皆圣君洪福所庇，亦文成公夙夜匪懈之功也。
仁厚为怀，视匠如亲的人情管理方式，更是‘筚路初创，维系人心之良方，褴褛启业，兴工利民之砥柱。’
而凌云翼认为，出现问题的原因也很简单：
法久则弊生，情滥则纲弛，昔日凝聚启业之良药，今日宿弊沉疴之根由，人情过炽则流弊滋蔓，仁厚过重则纲纪疏驰。
官厂的问题主要为三弊：
冗员如附骨，虚耗公帑，坐蠧蚀柱，虚糜国财之弊一；
法例成具文，纲纪荡然，威令不行，法例空悬之弊二；
奸猾总得计，勤恳蒙尘，是非颠倒，唯利是图之弊三。
这官厂三弊，最终造成了‘越老实越吃亏，不占公家便宜就是亏’的共识，这种共识蔓延下去，并且不加改正，必然导致：
匠众离心，利权旁落，朝廷之臂指渐失，巨万之公帑虚掷；仍以温情脉脉之旧规，驭星火燎原之新局，犹抱薪救火，养痈成患。
而面对这三弊，凌云翼和周良寅提出了三破三立：破人情，立规章；破食利，立精效；破朋党，立公体；
三破三立的具体做法为：严考成，汰冗滥；明赏罚，肃纲纪；核成本，杜奢靡；兴学堂，传技艺；调吏员，避亲眷；反贪腐，绝贪渎。
三破三立洋洋洒洒数千言，对每一条进行了详细的陈述，符合皇帝要求的‘现象、问题、原因、方案、复核’的信实分析法，并且给出了具体的‘何时、何地、何因、何事、何人、何做’的六何法。
什么时候、什么地方，因为什么、具体哪件事、由谁去做、会怎么做，这六何是考成法后，群臣上疏谈到具体某件事要怎么改进时，必须要具备的六个元素。
如果连这六个基本元素都不具备，那这篇奏疏，就是缺乏恭顺之心，糊弄陛下。
这考科举，要写八股文，这考完了科举，都成了官选官的统治阶级，还要写官八股！张居正简直是坏事做尽！
但张居正也无可奈何，只能走这种形式主义，因为他在官场这么多年，他知道好多官员上的
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