门答腊岛纳入殖民统治范围内，但是占领亚齐首都和俘虏亚齐苏丹并不意味着战争结束，在荷兰人进入亚齐首都的第二天，溃败到其他地区的亚齐士兵、宗教人士拥戴幸存的亚齐王室继承苏丹王位，继续与荷兰人对抗。
苏门答腊岛反抗势力与荷兰殖民者的战斗持续到1878年仍然没有结束的迹象，
亚齐战争期间，荷兰人因为担心爪哇、婆罗洲、苏拉威西等岛屿配合苏门答腊土著势力反动起义，放缓了对兰芳、马辰、巴厘岛等地区的侵略步伐，允许他们保留内政独立权和军事权力，同时对混杂在南洋地区的华人、马来人、苏禄人、爪哇人等海盗势力实行拉拢政策，利用海盗拥有的武器
力封锁和围剿分散在各个岛屿的反抗势力。
国防军陆军分布在安南北部、宋卡、纳土纳群岛三地，实力不足，
而宝贵的海上力量则要负责移民船队安全，无法集中起来围剿海盗，而且南洋地区海盗多如牛毛，如果不能一次解决海盗问题，逃脱出来的海盗很可能在各个海域对移民船队发动攻击，令护航舰队难以应对。
因此，出于种种因素考虑，国防军南洋部队与海盗往往保持合作或者不敌视的关系，互相不干扰对方的活动。
汉国国内忙于备战，南洋部队不想招惹麻烦，但是有些势力却在这个时候，刚好把挑战的目标对准他们。
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