事虽毕，但还有各地阅兵要事尚待解决，也不想在澳门过多停留，当即驳回了保连玉，便同陈中孚等人一道离去了。
过得数日，阮元和陈中孚总结澳门方面情报，认为葡萄牙人虽有争斗，大体尚属安静，也没有破坏当地国人生活，而澳门的葡萄牙人也多有供述，称之前保连玉反抗亚利亚加，自己便是被迫参与。这样一来，阮元和陈中孚便也认定，保连玉“国人权利”之语乃是借口，遂对他辩解之言不复过问，只将澳门政变情况联名上奏，以示澳门重归和平，道光无须担心。
然而，阮元终其一生，却也不清楚澳门事件背后的完整情况。
原来，拿破仑战争之时，葡萄牙由于维护王权专制，投入了反法同盟之中，可嘉庆中叶，葡萄牙却受到法国直接进攻，加上英国方面也想趁火打劫，葡萄牙王室认为欧洲大陆不安全，便即迁居到了南美巴西，在海外继续维持葡萄牙王国。后来拿破仑战败，葡萄牙得到复国，可实际管理葡萄牙事务的却是英国人，英国也一度在葡萄牙安置了驻军，如此一连数年，直到道光元年，葡萄牙人因为对英国这种实际控制不满，终于发起群众运动，驱逐了当时的葡萄牙傀儡政府，并重新迎立彼时远在巴西的国王若昂六世回国。而阮元所了解到的葡萄牙国王，也就是这位若昂六世。
面对英国人的居高临下，葡萄牙国内不满之情高涨，即便是远在东亚的澳门地区，也曾经一度同阮元进行联系，尝试共同防御英国。但道光元年若昂六世回国之后，眼看政局已然稳定，葡萄牙人却对未来的发展方向产生了分歧。一部分市民代表和开明贵族认为应该学习路易十六末年的法国，改国体为君主立宪制，而很多亲附若昂六世的贵族却不以为然，依然坚持旧有专制体制。但若昂六世本身是在巴西即位，国内根基尚浅，眼看葡萄牙本土立宪势力声势浩大，便即主动妥协，在道光二年颁布了葡萄牙宪法。只是葡萄牙立宪之时，并未给予巴西人同等权利，这一举动也直接导致了同年巴西从葡萄牙独立。
国内立宪的消息传到澳门之后，澳门的土生葡人也产生了分歧，一些进步葡人主动要求澳门当局接受立宪，并开设议事局作为决策机关。但彼时澳门总督亚利亚加乃是旧政权委任，对立宪之事不以为然。许多葡人眼看亚利亚加拒绝开设议事局，一时群情激愤，便在同为土生澳门葡人的保连玉带领下，一举推翻了亚利亚加政府，拥立保连玉管理葡萄牙军务，政务则由议事局管理。若昂六世最初担心澳门闹出大乱，故而下发诏令维持了亚利亚加的总督地位，但不
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