跟新军、水师受到了截然不同个的待遇，自然是因为其要管辖万历皇帝开启的海外贸易。
在万历皇帝圣旨里，海关司将主导与海外诸国的商贸往来，其所收的海关关税将纳入太仓库。
这就意味着万历皇帝决定废除已经名存实亡的朝贡贸易，朝贡贸易与其说是贸易倒不如是大明对海外前来朝贡的藩属国的一种赏赐。
由于洪武皇帝的禁海令，故而大明民间的海外贸易已经被禁止，大明与海外诸国的贸易就是由官方主导的朝贡贸易：海外藩属国派使节来大明朝贡的同时带来货物与大明有关的衙门进行交易。
大明以天朝上国自居，故而对那些不远千里前来朝贡的海外藩属国给予了极大的优惠和关照，在与其交易时不计较利益的得失，以高价收购朝贡使臣带来的货物，并用低价卖给他们大明的货物，使得其来一趟大明赚得盆满钵满。
值得一提的是，自海外朝贡的使臣团队登岸起，其团队里上上下下随行人员的衣食住行就由大明相关的衙门负责，享受着贵宾般的待遇，大明每年在接待海外朝贡使团上花费甚巨。
因为大明的朝贡贸易使得朝贡的藩属国会从大明得到丰厚的利益回报，故而不仅海外藩属国乐于其中，频繁向大明派出朝贡使团，而且一些不法之徒也从中看到了巨大的商机，冒充海外小国的使臣跑到大明来浑水摸鱼。
大明虽然地大物博，但因为洪武皇帝的低税收政策户部每年的进项有限，哪里经得起那些海外藩属国这样折腾。
况且，大明朝贡贸易最活跃的时期是郑和下西洋时代，原本郑和下西洋就已经耗费巨大，再加上越来越频繁的朝贡贸易，已经对大明的财政造成了严重的影响。
郑和下西洋虽然是中国航海史上的一个伟大壮举，既宣扬了国威同时也增进了与西洋诸国的联系。
当然了，大明为此耗费甚巨，付出了巨大的经济利益，除去庞大的船队开销不菲外，船队与沿途海外诸国的贸易也都是遵从高买低卖的原则，以宣扬大明皇帝皇恩浩荡。
这也是为何自从永乐皇帝和宣德皇帝后大明再也没有组织过船队西下，实在是国家的财政无法支撑下西洋的庞大开销。
所以永乐皇帝对朝贡贸易做出了规定，除了朝鲜国是一年一朝外，其余海外藩属国都是数年一朝，并且规定了使团的人数以及所带货物的规模。
由于从大明获得回报越来越少，再加上海上有着不小的风险，所以海外的那些藩属国逐渐失去了到大明朝贡的
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