京师就是参与都督府大理寺对他们坑杀四十万俘虏一事进行审判。
“陛下，这是都督府大理寺对孙都督等人判决，还请陛下批示。”王礼乾将一份判决书递给了朱由校。
朱由校快速地浏览一遍，说道：“不行，判决太重了。”
“这……”王礼乾看着判决书不知道该说什么。
“朕说了允许将功折罪，此次南征大胜而归，朕认为孙传庭等人可以不计功，也不处罚。”朱由校说道。
“诺，臣会将陛下的意思转达给都督府大理寺。”王礼乾躬身说道。
“下去吧。”
……
按照朱由校的意思，孙传庭等人审判结果很快就出来，孙传庭和来秀才两人此次南征既不记功也不处罚。而其他将领则视情况而定。
判决出来之后，朝廷一片哗然，朝廷大臣都知道这是朱由校在包庇孙传庭等人。但朱由校却不以为然，在审判结束之后，朱由校特意召见了孙传庭一干人等。
“臣请辞广州都督府都督一职。”孙传庭躬身说道。
“这是为何？”朱由校问道。
“陛下为臣等所犯下罪责甘愿承担骂名，臣无以为报，唯有辞去都督府都督一职才能报答陛下的恩情。”孙传庭解释道。
“朕对这些骂名无所谓，孙爱卿不比介怀。”朱由校说道。
“陛下，此事由臣来担责是最好的，还望陛下恩准。”孙传庭恳求道。
“陛下，坑杀四十万俘虏是臣的主意，理应臣来担责。”来秀才见状说道。
“陛下，孙都督本就是进士出身，辞去都督一职也可担任朝廷其他职务。”秦良玉说道。
朱由校想了想说道：“孙爱卿，朕同意你辞去广州都督府都督一职，你且休养一段时间，等时机一到，朕会让你出任兵部尚书一职。”
“陛下，这……”孙传庭一听马上便想拒绝。
“不能拒绝，兵部尚书由你来出任是最合适不过的了，只有这样才能更好地衔接内阁与大都督府。”朱由校口气不容拒绝，孙传庭也没有再继续坚持。
“陛下，臣今年六十有八了，也准备告老还乡了，还望陛下成全。”秦良玉说道。
“秦爱卿，你不会也是为了坑杀四十万俘虏一事才请辞的吧？”朱由校不满地问道。
“臣不敢，臣真的是年事以高，无法再继续担任大都督一职，本在去年年中，臣大病之后就准备跟陛下请辞的，但去年灾害不断，
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