他的才学感到惊异，于是赤牒（临时授官的一种文书）任命他为息州参军。
不久后，刘仁轨被调为陈仓县尉。当时，折冲都尉鲁宁骄纵违法，历任陈仓县官都无法制止他。刘仁轨就职后，特地告诫鲁宁不得重犯，但鲁宁仍凶暴蛮横如故，刘仁轨于是用刑杖将他打死。
州里的官员将此事禀告朝廷，唐太宗愤怒地说：
“一个县尉竟打死了我的折冲都尉，这能行吗？”
把刘仁轨召进朝廷责问。
刘仁轨回答说：
“鲁宁侮辱我，我因此杀了他。”
太宗认为刘仁轨刚毅正直，不仅不加惩处，反而提拔他为咸阳县丞。
贞观十四年秋，太宗准备到同州围猎。当时秋收还没有结束，刘仁轨上表劝阻。
太宗于是下诏慰劳说。
“你的职位虽低，但竭尽忠诚以奉事国家，所论之事，朕都十分赞赏。”
不久，刘仁轨被授为新安县令，累官至给事中。
刘仁轨虽为官清廉刚正，但是为得宠的中书侍郎李义府厌恶。
唐高宗显庆四年（659年），刘仁轨因处理“毕正义案”得罪李义府，被贬为青州刺史。
显庆五年，高宗发兵征讨百济，刘仁轨奉命督海运。
李义府在明知时机不当的情况下，强行督促他出海。
结果，船队在途中遇风沉没，死伤严重。
朝廷派监察御史袁异式审讯。
结案后，李义府对高宗说：“不斩刘仁轨，无法向百姓谢罪。”
舍人源直心说：“海风暴起，这不是凭借人力所能预料的。”
高宗于是仅将刘仁轨免职，以白衣（平民）的身份随军。
李义府又示意郎将刘仁愿将他杀死，因刘仁愿不忍而作罢。
同年，左武卫大将军苏定方平定百济。
战后，刘仁愿被任为都护，与新罗王金春秋的少子金仁泰共同镇守百济都城泗沘城。
唐朝在百济设立熊津都督府，任命左卫中郎将王文度为熊津都督。
但王文度在渡海时病亡，高宗于是授刘仁轨检校带方州刺史，代替王文度统军。
显庆六年，百济旧将僧道琛、鬼室福信等人立故王子扶余丰为王，兴起百济复国运动，起兵反抗唐军，围攻刘仁愿于府城。
刘仁轨与新罗军一起援救刘仁愿，并击退围攻百济军，与城中的刘仁愿会合。
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