已有风吹草动这家伙就逃掉了，另一方面就是平叛的明军人数太少，每次打的都是击溃战，虽然每次都胜利了，但是奢崇明都没有伤筋动骨，都还有再战的能力，以至于奢崇明在四川搅得乱七八糟，民不聊生。到后来张献忠入四川，杀得四川血流成河，跟奢崇明叛乱有一定关系，叛乱的时间太长，四川的人力物力损失惨重，以至于到清朝初期才有了“湖广填四川”的人口大迁移。
朱有孝决定这次来个一劳永逸，先设置一个大的包围圈，这个包围圈由孙承宗负责，调集贵州、陕南、湖广临近四川的几个省的兵力，一边进兵，一边练兵，不要急于进攻，只是缓缓地包围上去，这在策略上叫做温水炖青蛙。为此，朱有孝从内库拨付白银四百万两，从户部拨付白银四百万两，由湖广负责筹集粮食。湖南负责南方面湖南、贵州部队的供给，包括所有粮食、武器等所有物资，湖北则负责北方面部队的物资供给。朱有孝严令各部不许扰民，既然朝廷拨付了钱财，就必须严格按照公平的价格买卖，凡无故扰民者必将严惩。
朱有孝为此召来内阁和六部尚书，现在内阁成员变化了不少，孙如游功成身退，致仕回家养老去了，朱有孝还给他加了衔，他走得很高兴。方从哲则是因为东林党御史的弹劾，为了自保也请求致仕，朱有孝在他请辞了两次之后，也加了衔，让他高高兴兴的回家养老去了。然后叶世高再次担任了首辅，韩爌还是次辅，孙承宗则是内阁大学士兼任兵部尚书，徐光启是内阁学士，还有刘一燝，新进的朱国桢。其他是户部尚书朱国祚、吏部尚书周嘉谟，工部尚书宋应星、礼部尚书孙慎行、刑部尚书王纪等。
朱有孝加上这些内阁、六部尚书共十二人，现在在座的就算是大明朝的核心决策人，朱有孝之所以把这些人都召集过来，目的是为了不让那些言官、清流在朝堂上再胡搅乱缠，什么招抚了、招抚镇压并举了等等，而这几个人就比较好说服了。
当朱有孝把奢崇明反叛的事情详细介绍完毕，首辅叶世高就当先开口：“陛下，臣以为像这种不仁之臣，必杀之以儆后人，免得其他的人效仿，其罪必不可恕，只不过陛下是不是用兵太过。”
叶世高出任首辅的事情朱有孝有过考虑，用他的目的是为了推进大明朝对外的开放，此人颇熟悉西洋事宜，思想也比较容易接受先进的实物，从他能够和传教士利玛窦交往并结为朋友看，说明此人并不保守。其次，此人是东林党的领袖级人物，朱有孝准备从仁义道德的制高点上，用精神枷锁套住他，让他自己去斗东林党的徒子
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