公卿大臣们穿白衣上朝三天。
董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。
九月末，董卓联合司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（168年）九月政变时被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃、窦武以及次年（169年）在“第二次党锢”中被捕遇害的众多党人平反。刘协（袁隗）准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。
董卓又封自己的母亲为“池阳君”，好用刑法立威。侍御史扰龙宗拜见董卓时忘了解除佩剑，董卓借题发挥，下令将其活活打死；又指使人将何太后的母亲舞阳君杀害，甚至将何苗的遗体从坟墓中挖出来*扔在园林之中。大司农周忠的儿子周晖听说雒阳变故，故至雒阳，董卓非常厌恶他，派兵将其劫杀。
张扬、曹操、卫兹等人都在地方招兵买马，试图对抗董卓执政，东郡太守桥瑁甚至伪造三公文书散发到各地州郡政府，陈述董卓罪恶，呼吁各地起兵反董，恢复刘辩的帝位。
初平元年（190年）正月十二日，董卓使弘农王郎中令李儒毒杀刘辩，以断绝桥瑁等反董联军的政治企图。
关东各州郡政府官员推举袁绍为盟主，领车骑将军，讨伐董卓。反董势力分为三处：酸枣联军为兖州、豫州两路人马；河内联军为冀州人马；鲁阳联军为荆州人马。
董卓派李傕前来劝降孙坚，被孙坚严词拒绝。孙坚率军抵达大谷关，距离雒阳九十里地。董卓亲自率军与其交战，败走长安，孙坚得以入雒阳。董卓留下牛辅、李傕、郭汜、张济、董越等人布放在三辅各地，阻挡孙坚继续西进。
司徒王允亦有心刺董，他说服了董卓的义子吕布。
初平三年（190年）四月二十三日清晨，董卓乘车前往皇宫计划参加皇帝的庆祝会，吕布随从护卫。当董卓车队行至北掖门外时，李肃等人持长戟冲出，刺向董卓，董卓朝服内穿铠甲，所以未伤及要害，而李肃刺伤董卓手臂，并将其刺下车来，董卓疾呼：“吕布何在？！”这时候吕布不慌不忙的掏出准备好的诏书，喊道：“有诏讨贼臣！”直到此时，董卓才发现吕布背叛了自己，大骂吕布：“庸狗敢如是邪！”吕布则率众人上前将董卓当场斩杀。太师府主薄田景及仆人上前抱住董卓的尸体，吕布又将他们杀死，杀了这三人之后，在场其他的人都不敢动了。
随后，王允立刻让信使往各政府部门送达赦免诏书。董卓的死讯传出，士兵们都高呼万岁，百姓在路上载歌载舞
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