从明洪武十三年到二十六年，明太祖为维护统治而大开杀戒。以胡惟庸案和蓝玉案并称的“胡蓝之狱”为起点，之后还有“郭恒案”、“空印案”等。朝中的开国元勋皆以死尽忠，其中受胡惟庸和蓝玉株连的就多达四万五千人。
而促成这些案件幕后机构就是明太祖亲设的锦衣卫，据《明史》所记：“子骧，从定中原，进指挥使，尝掌锦衣卫事，召典狱。”除了毛骧以外，还有明成祖时的纪纲，明英宗时的刘勉等等都曾是著名的锦衣卫指挥使，为帝王们立下过汗马功劳，而锦衣卫也借恩宠在短短几年就发展到了十几万人。那么，明朝灭亡时，他们都去哪儿了？
锦衣卫最开始的名称为“拱卫司”，主要为皇帝收集军政情报，后来改为掌管君王仪仗和侍卫的“亲军都尉府”。直到洪武十五年才正式命名为锦衣卫，他们的工作内容逐渐丰富，不仅是收取他国的军事情报，同时也能监察百官动向，包括暗地里的侦查、逮捕和审讯等活动，不受除了皇帝以外得其他任何人限制。
锦衣卫内人员共分为十个等级，从官位至正三品的指挥使，到正四品的指挥佥事，再到千户、百户、小旗，除千户及以上有人数规定外，其他都没有限制。许多的将军、校尉、翻译都是他们的下属，真可算是独享无限风光了。
公元一三八零年，明太祖罢中书省、废丞相一职，相应之下提高原本中书门下的六部权力，并形成了完全对称的内廷和外廷机构。比如：外设内阁大学士以帮助皇帝协理繁杂的政务文书，内设司礼监以管理皇城内大小琐事。
如此便形成各部同时为皇帝所用，朝堂内外权力则达到相互制衡的局面，从而保证了皇权的独尊和不可侵犯。锦衣卫与其它亲信部门同样，在前期发展中的兴衰与落寞，全都仰仗着皇帝的喜与忧。
在洪武二十年前，锦衣卫发展得如日中天的时候，朱元璋一张诏书就将锦衣卫直接废除，并且焚毁了锦衣卫的所有刑具。直到明成祖继位才又重设了锦衣卫，但有东厂分化了它的权力，所以这也为后来锦衣卫们谋求自保而不去救国抗敌埋下了种子。
万历后期，神宗常远离朝政，不理政务，而原本为与锦衣卫互利互惠而相互勾结的东厂，乘机得到了大力发展。因为有了接触朝中大臣奏折的机会，其权势远远超过作为皇帝护卫的锦衣卫，甚至让锦衣卫沦为了它的附庸。
东厂有权更替和选拔锦衣卫的指挥及其他成员，比如：魏忠贤就在熹宗初年时将锦衣卫的指挥使刘侨免职，转而提拔投靠自己的田
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