拟遗旨赏了进献红丸的李可灼，引起了一些人的怀疑，御史王安弹劾方从哲“轻荐狂医”，“又赏之以自掩”。御史郭如楚弹劾方从哲不应该赏赐进药的李可灼。方从哲在众人攻击下，拟太子令旨，罚了可灼一年的奉禄。
御史郑宗周更是发挥联想，弹劾主管泰昌用药的太监崔文昇，说他“包藏祸心”要求司法调查，因为他曾经是郑贵妃宫中太监，郑宗周弹劾崔文昇，意在郑贵妃，方从哲也拟令旨察处，以示公允。
此后东林党人围绕着这个事情，对非东林党人进行攻击，而非东林党人也奋起还击，这便是有名的红丸案。
红丸案真相的分析：
我个人认为，无论泰昌是否死于红丸，该案中都不包含阴谋，而别有用心的人欲以此为议题，打击政治对手，制造了红丸案。
根据东林党人内阁大学士韩爌于泰昌死两年后的记载，事情的经过是这样的：
先帝（指泰昌）以去年八月朔践阼。臣及一燝以二十四日入阁。适鸿胪寺官李可灼云有仙丹欲进。从哲愕然，出所具问安揭，有“有进药十分宜慎”语，臣等深以为然，即谕之去。二十七日，召见群臣，先帝自言不用药己有二十余日。至二十九日，遇两内臣，言帝疾己大渐，有鸿胪寺官李可灼来思善门进药；从哲及臣等皆言：彼称仙丹，便不敢信。是日，仍召见。诸臣问安毕，先帝即顾皇上（指明天启朱由校），命臣等辅佐为尧舜；又语及寿宫，臣等以先帝山陵对，则云“是朕寿宫”。因问有鸿胪寺官进药，从哲奏云：“李可灼自谓仙丹，臣等未敢信。”先帝即命传宣。臣等出，移时可灼至，同入诊视，言病源及治法甚合。先帝喜，命速进。臣等复出，令与诸医商榷。一燝语臣，其乡两人用此，捐益参半。诸臣相视，实未敢明言宜否。须臾，先帝趣和药，臣等复同入，可灼调以进，先帝喜曰：“忠臣、忠臣。”臣等出，少顷，中使传圣体服药后暖润舒畅，思进饮膳，诸臣欢跃而退。比申末，可灼出云：“圣上恐药力不继，欲再进一丸”诸医言不宜骤。及传趣益急，因再进讫。臣等问再服复何状？答言平善如初。此本日情事也。次日，臣等趋朝，而先帝己于卯刻上宾矣。
韩爌是东林党人，他的记载不会庇护非东林党的方从哲，因此比较可靠。
从这个记载我们可以看出，泰昌在服用红丸之前，己经病入膏肓，而且“不用药己有二十余日”。泰昌自知来日无多，开始中交待后事，他“顾皇上，命臣等辅佐为尧舜”，并“又语及寿宫”，大臣们以为是问万历的寿宫
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