将张盘等攻下金州，朝廷提拔他左都督挂将军印，赐尚方宝剑，设军镇于皮岛，号“东江镇”。毛文龙以皮岛为根据地不时对后金发动小规模进攻。
毛文龙雄踞皮岛以后，受到了很大的争议，有冒功的嫌疑，但毛文龙无疑是功大于过，其在皮岛上的作用最少有两点：
一是存在即威胁。因为皮岛屿在后金的后方，后金在采取军事行动时不得不有所顾忌，从而起到牵制的作用。
二是为辽东人民提供避难所。正是因为有了这个去处，辽东人民能大量逃亡。人口对后金来讲是战利品，没有人口，也就无人从事生产，土地荒芜。
崇焕在上任以后就开始精心策划，认真组织除掉毛文龙。
他首先从经济上卡毛文龙的脖子。一是实行海禁，不许登州、莱州通往东江的私船出海。
二是控制毛文化的粮饷、军械。凡是朝廷运往东江的物质，都必须受蓟辽督师衙门的节制、转发与核查，运送路线不再由登州、莱州直接运往东江，改为由山海关起运至宁远近海的觉华岛，经督师衙门挂号，再转运至东江。
这样一来，袁崇焕控制了毛文龙粮饷装备供给渠道，而且切断了他海上贸易的命脉。
对此，毛文龙也做出了激烈的反应，他向皇帝上疏说：这是“拦喉切我一刀”。他以岛兵哗变相威胁索饷，并谋划派兵到登莱抢劫。另一方面，他亲自到这宁远去参见袁崇焕，希望能够改善与袁崇焕的关系。
袁崇焕在宁远会见了毛文龙，出于种种考虑，他并没有在自己的地盘上杀毛文龙，为了显得光明磊落，也为了防止岛内发生动荡，他决定在皮岛诛杀毛文龙，于是他以检阅东江官兵的名义，和毛文龙约定在双岛再次会面。
5月25日，袁崇焕从宁远出发，走水路于29日到达双岛。毛文龙也从皮岛赶来迎接，6月1日，双方在袁崇焕的督师船上进行了会晤，此后双方进行了几天的交谈，袁崇焕提出了许多节制东江、统一事权的想法，毛文龙均予婉拒。
袁崇焕劝毛文龙解甲归田，他说：“你在边塞辛苦这么多年了，你老家杭州西湖是个好地方，不如回家享享福吧。”然而毛文龙并不接受这个建议，他说：“我早有这个想法，但我有灭后金的办法，灭了后金，朝鲜文弱，可以袭而有之。”袁崇焕说：“朝廷没有那么长远的规划，应该有人能够代劳。”毛文龙说：“在这个地方谁能代替得了我？”双方不欢而散，于是袁崇焕决心除掉毛文龙。
6月5日，袁崇焕传令在
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