的文章，毛文龙的日子很不好过，他多次上疏自辩，抱怨道：“臣一介末弁，孤处天涯，曲直生死惟命是从，岂敢哓哓取憎？实在是文臣误臣，而非臣误国！”
他预感到了处境的危险，怒斥道：“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室”。可见毛文龙与东林党朝臣的矛盾己经十分尖锐。
迫于形势，毛文龙开始为自己找后路，他通过叛逃到皮岛的王子登搭线，同后金密谋和谈，以缓解双方的敌对关系。
对魏忠贤集团奉行“宁可错杀一千，不可使一人漏网”的崇祯皇帝对毛文龙却网开一面，继续奉行优容政策。他就群臣批评毛文龙虚冒军饷一事批示道：“辽东人民到海岛避难，拿起锄头就是民，穿上盗甲就是兵，与内地的情况有所不同，毛文龙只管好好干，干出成绩，谁还能拿冒饷说事！”
毛文龙看到崇祯仍然支持他，就毁约绑后金使者阔科上京，以表忠心，使得两者的交通中断数月。袁崇焕上台后对毛文龙采取了一系列限制措施，毛文龙再次骑到了墙头。崇祯元年九月到崇祯二年四月，毛文龙加强了与后金的交往，先后通书五封，后金回书至少三封。可见毛文龙对袁崇焕上台的反应是非常大的。
袁崇焕离京出关之前，内阁辅臣钱龙锡亲自到其住所，咨询袁崇焕“五年复辽”的方略。袁崇焕说：“首先从东江做起。”钱龙锡诧异地问道：“为什么不从陆地进攻，而从海道呢，而且毛文龙用起来也未必很得力。”袁崇焕解释说：“毛文龙可用就用，不可用就杀了他。”可以说他早己下定决心杀毛文龙。他还说：“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也。”可见他不仅考虑了杀不杀的问题，还考虑了如何杀的问题。后来他杀毛文龙正是采取了“入军斩帅”的方式。
通过这段史料我们可以判断，袁崇焕去辽东前曾和有东林色彩的大臣商量过毛文龙的问题，并己经定下了“入其军，斩其帅”的即定目标。
因此袁崇焕对毛文龙的处理有可能是朝堂上围剿“阉党”的延续。
通往真相的另一个重要方向是后金。
袁崇焕两次与后金接触的受害者都是毛文龙。第一次接触造成了后金出兵攻打朝鲜和毛文龙，毛文龙损失极大，袁崇焕下台也与此有关。第二次接触时，毛文龙己经呆在海岛上，后金鞭长莫及，而袁崇焕却出人意料地做了后金“想做而做不到的事情”。
第一次体现了后金的战略利益，第二次则实现了这个目标，很难说这两者没有联系。
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