据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
宽刑省狱。建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。他认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求“臣罪当诛，谢主隆恩”，比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
建文帝在当皇太孙时就已经意识到太祖用刑过猛，因此登基后力图改变这种情况。他在做皇太孙时就向祖父请求更定《大明律》。他以《大明律》与历朝法律作比较，认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法。其父朱标生前曾练习处理国事，以宽大为怀。朱标死，太祖也叫朱允炆断刑狱之事，朱允炆一如其父风格。那时，他就获得了广泛的称誉。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力图创造出和谐的宽政。建文帝即位仅一个多月，下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二。建文帝的这些措施实际上是对太祖朱元璋严刑峻法的一种调整，也反映了建文帝与太祖执政风格的迥异。
减轻赋税。建文元年（1399）正月，建文帝令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋明显重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。另外，朱元璋特意规定江浙人不许担任户部的职位，目的在于防止江浙人偏袒家乡。建文帝则认为江浙重赋只是用惩一时，不应该形成定制，既然田赋减轻了，浙东人自然也可以担任户部的官职。他还针对寺庙侵占民田的情况，下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退官，分给农民。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，甚至要恢复西周时
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