损失惨重的晓开始吸收新的血液，前一段时间刚刚杀死了宇智波鼬的宇智波佐助加入了晓，并且在加入晓没多久之后就对八尾发动了攻击，重创八尾，还带走了八尾的一节伪装起来的触手，并将这节触手当做了八尾的本体。
雷影因为弟弟奇拉比被佐助“掳走”而暴怒，决定召开五影会谈以制裁“晓”。纲手在之前的战斗中又一次由于消耗大量查克拉而昏迷不醒，团藏借机夺取了火影之位，并前往铁之国参加五影会谈。佐助为了杀死团藏而入侵会场，遭到五影的连续攻击，在千钧一发之际被“阿飞”救走。
“阿飞”宣称自己将要实现“月之眼计划”，并向在场的众人宣告将要发动第四次忍界大战。佐助则在那之后追上了逃离会场的团藏，在一番战斗后将团藏杀死。
为了准备即将到来的大战，并保护八尾和九尾，鸣人被送往云忍者村准备的秘密基地，在那里遇到八尾人柱力奇拉比，并向他学习控制九尾的方法。鸣人在精神世界中遇到母亲玖辛奈，玖辛奈告诉了他关于他出生那天发生的事情，以及九尾入侵木叶的真相。
鸣人在母亲的帮助下成功地控制了九尾，并得到了新的力量，察觉到了暗中潜入此地的鬼鲛的存在。打算逃走的鬼鲛与阿凯交战，被阿凯打倒，为了守护情报而自杀。
这期间，长门听从了杜腾的劝说，和小南出去游玩了一段日子，最终在一天夜里悄悄死去。小南这一次没有带着长门的尸体回到那个他们所成长的地方，而是降长门安顿到了一处不知名的山洞中。不过很可惜，即便如此，他们最终也还是被黑绝发现，然后阿飞找上门来，想要将轮回眼带走。为了保护长门的遗体，小南和阿飞的战斗突然爆发。
小南事先对“阿飞”的忍术进行了深入的研究，做了充分的准备。在成功炸断“面具男”右臂后，小南发动了秘术神之纸者之术，使“面具男”陷入事先准备好的六千亿张起爆符中，纸山纸海，浩浩荡荡，准备将“面具男”炸死。
“面具男阿飞”准备将自己吸收至异空间逃脱，但由于吸收时身体必须实体化，而且吸收自身的速度比较慢，因此小南趁“阿飞”吸收自身之时迅速在“阿飞”身上贴上起爆符引爆，“阿飞”不得已只好放弃吸收转为虚体化躲过爆炸，但虚体化只可维持五分钟左右，而小南的六千亿张起爆符可爆炸达十分钟。
“阿飞”迫不得已只好动用移植来的左写轮眼，发动了宇智波一族的究极禁术——伊邪那岐，将所有爆炸变为虚幻。
在
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