崇祯元年（1628年）冬天，崇祯帝朱由检下诏推选内阁大臣。温体仁威望太浅，还不能参与，很受崇祯帝朱由检器重的侍郎周延儒也没有被推选。温体仁揣测崇祯帝朱由检肯定会怀疑，于是上疏弹劾钱谦益受贿、结党，没有资格被推选，此前钱谦益在天启二年（1622年）主持浙江会试，用关节语为记号，录取钱千秋，后被人告发，钱谦益也受到责罚。这件事本已定案很久了，但是温体仁重提旧事，很让崇祯帝朱由检心动。
次日，崇祯帝朱由检让内阁六部科道官员集中在文华殿，命温体仁和钱谦益都到现场。钱谦益没想到温体仁会弹劾自己，言辞中十分委屈。但是温体仁盛气诋毁钱谦益，他说：“我本来不是言官不能随意弹劾，遇到朝推，我更应该避嫌不说话的。
但是选内阁大臣涉及社稷安危。而且钱谦益结党营私，收受贿赂，满朝大臣没有一个敢说话的。我不忍看到皇上您孤立，所以不得不说。”崇祯帝朱由检早就怀疑有廷臣结党，听到温体仁这么说，十分赞同。
但是执政的内阁大臣都说钱谦益无罪，吏科都给事中章允儒尤其积极为钱谦益辩护：“温体仁其实是热衷权力，如果钱谦益有错，为什么他等到今天才揭发？”温体仁说：“我当初只是小官员，今天揭发钱谦益，也是为了朝廷要慎重用人。像章允儒这样的肯定是钱谦益的同党。”
崇祯帝朱由检大怒，命礼部把钱千秋的卷子拿来看后，责备钱谦益，感慨地说：“如果没有温体仁，我几乎就犯下错误了。”章允儒被捕下狱，诸大臣也被严词责备。争辩的时候没有一个人帮助温体仁，只有周延儒上奏说：“廷推名义上很公平，但是实际上主持的人也就一两个人，其他人都不敢说话。一旦说话徒然给自己惹祸。并且钱千秋这个案子本就已经有定论，不必再询问大臣们了。”
于是崇祯帝朱由检当天就把钱谦益罢官。很多官员都被牵连。
晋用首辅
崇祯二年（1629年）春天，温体仁又被弹劾娶娼妓、收受贿赂、夺人家产等诸多不法的事情。温体仁请求辞职说：“因为钱谦益的缘故，攻击我的人很多，但是没有一个人为我辩护，我的孤立由此可见。”崇祯帝朱由检再次召集大臣们对质，温体仁和九华、赞化两人辩论很久，最后攻击这两人都是钱谦益的私党。崇祯帝朱由检信以为真，他把大学士韩爌等召集到内殿，说大臣们不知道为国家操劳，只知道挟私报复，应当重罚。温体仁再次以辞职要挟崇祯帝朱由检，崇祯帝朱由检温言慰问。
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