万历三十七年，东林党人和非东林党人的斗争从幕后走上台前，从暗斗发展到明争，双方开始在朝堂上展开恶斗。
这年二月，御史郑继芳弹劾户部给事中工科右给事中王元翰侵占公私财产，“奷赃数十万”。王元翰曾上疏要求起用顾宪成等被罢免的十多名人士，被认为是东林党人，这是他被攻击的真实原因。
郑继芳在上疏的同时，暗中派人对王元翰家进行监视，主要观察哪些东林党人与王元翰往来并防止转移财产。王元翰悲愤不己，把家里的箱子、柜子全部抬到朝廷门口，让士兵搜查，然后恸哭辞朝而去。
非东林党人小试牛刀，干掉了王元翰这个小虾米，于是乘胜追击，屠刀举向了东林党的大鱼淮抚李三才。在东林党的反对者后来编写的《东林点将录》中，李三才名列第一，超过老资阁的首辅叶向高，被称为托塔李天王，可见他是一个不同凡响的人物。
李三才比较有政治手腕，好玩弄权术，擅长拉关系。史书上说他“才大而好机权，善笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下。”共同的兴趣爱好使顾宪成与李三才走到了一起，两人私交甚厚。
万历三十二年八月，顾宪成专程赴淮安找李三才“商议国事”。李三才也为了顾宪成复出奔忙。万历三十五年七月，他上疏建议启用被废弃的官员，其实就是为顾宪成跑官要官。
李三才干着漕运总督的肥差，兜里向来“不差钱”，生活很奢侈，但在生人面前却装得很朴素，以示清廉。有一次他宴请顾宪成，开始双方还不是很熟，饭桌上只有三四个青菜。经过一天畅谈“国事”，双方很投机，引为同志。第二天，李三才再次宴请顾宪成，山珍海味上了一大桌子。顾宪成很奇怪，问道：“昨天就几样青菜，今天怎么这么丰盛呀”，李三才笑着说：“昨天没东西，就上得少，今天偶然有点东西，所以就上得多”。
内阁首辅朱赓退休以后，一直找不到合适的继任人选，万历想让王锡爵复出任首辅，于是派人请他出山，同时给他出了一道考题，题目是：如何对付强悍的言官。年己七十四岁的王锡爵不想再出来招惹是非，十分犹豫，但是对于皇上出的考题，他还是作出了答复，他的答案是：一概留中不发，就当是禽鸟之音。为了防止泄密，王锡爵派自己的家人将信送到朝廷，并交待家人无论如何也不能让任何人见到这封信。
李三才对于朝廷的动向十分关注，此次万历找王锡爵的事情被他得知，虽然他与王锡爵有师生之谊，关系曾经很密切，但政治上却不是一个
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