就在朝廷上下都在关心皇帝将如何查办阉党，以及查办到什么程度的时候，朱大明却带着王承恩、孙承宗、张惟贤等人，来到了皇极殿右前方不远处的武英殿中。
这是一个相对独立的院落，正中间坐南朝北的大殿，就是高大宽敞的武英殿，前方则是个小广场，东西厢是两排长长的房屋，正前方是武英门，出了武英门，则是金水河流经此处的一段河道，上面有桥，而过了金水河，继续往南，则是六科廊的公事房。
六科廊的公事房再继续往南就到了午门，而在午门内，与六科廊正对着的就是内阁所在的办公场所了。
武英殿是明朝皇帝处理军务的地方，可惜的是没有多少皇帝真正利用这个地方，多数军务都与其他的政务一起，交给内阁和司礼监来打理了，所以武英殿基本没有多少时间和机会发挥自己本该发挥的职能。但是从今往后这里将属于新成立的军机处，算是有了一个与其殿名相符的办事机构了。
兵部尚书、武英殿大学士孙承宗，当然兼任了领班军机大臣，算是军机处的一号人物，至于英国公张惟贤也担任了军机大臣，毕竟张惟贤是五军都督府的大都督，同时也是京师三大营的负责人。
五军都督府负责天下所有卫所的日常管理，如今虽然卫所废弛，军户流失严重，但瘦死的骆驼比马大，军机处要统一军权，统领天下军务，还是绕不开五军都督府，作为五军都督府的一把手，自然也就得到了军机大臣的职务。
再说张惟贤这个人虽然没什么军事才能，但在勋贵中的威信还是很高的，而且在崇祯皇帝登极的事情上也是立下了功勋的。就是这个张惟贤，在天启皇帝驾崩以后，率先赶到信王府，迎接当时还是信王的朱由检入宫，从而抢占了先机，顺利登极称帝。
按照不知道什么时候形成的惯例，勋贵武臣是不能进入内阁的，到了明末甚至有非翰林不能进入内阁的惯例。所以对于有一定政治抱负的勋贵武臣来讲，进不了内阁，能进新成立的军机处，也是个不错的选择。英国公张惟贤就是带着这样的心态，进了军机处。也不是没有官员上书质疑，但是军机处毕竟不是内阁，而且五军都督府的大都督作为军队的象征性人物进入军机处，从道理上也说得通，所以质疑和反对的声音并不大，朱大明也全当作没看见。
至于孙承宗督师蓟辽时的左膀右臂和幕僚人员，比如新近起复的鹿善继、王则古、杨应乾、茅元仪、孙元化，无一例外，在保留原来职务俸禄的同时，都被抽到了军机处，各自也在军机处分配了公事房
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