都集中在了军机处办公，分工负责军令、军政、军屯、军情、军饷、军器等具体事务。皇帝通过军机处，在同时知会内阁、兵部、五军都督府的同时，直接指挥调动天下兵马，至少在指挥效率上就比过去要高得多了。
对于目前正跟女真人对峙的辽西前线，巡抚和总兵们也没什么意见，不管是五军都督府，还是兵部，又或者是目前的军机处，传达的都是皇帝的旨意，他们并不在乎谁来指挥他们，他们在乎的只有军饷什么时候能够足额发放。至于九边，从山海关到延绥镇，所有人关心的问题也是欠饷何时能够补发的问题。
欠饷的问题，是大明边镇的痼疾。有的欠饷是因为朝廷没钱发饷，只能欠着，而有的则是因为边镇将领们的克扣贪污、中饱私囊。成立军机处的旨意已经昭告天下，并发往九边各镇了，从今往后九边各镇的军队指挥权统一收归军机处，九边各镇的军情也要第一时间通过通政司上报军机处，同时向兵部等相关朝廷衙门报备。
今天朱大明带着相关人等，来到军机处，一个是看看军机处成立后的情况，显示下皇帝对军机处的重视，另一个就是现场处理军机处成立后奏报给他的第一件军机大事。这个军机大事就是欠饷问题，辽东巡抚毕自肃上书请饷，山西巡抚张晓也上书请饷，加上之前东江镇、宣府、大同等镇督抚、总兵们的请饷折子，九边欠饷的问题，看来已经是相当严重了。
通政司最近接到这些折子以后，报告给内阁，施凤来、张瑞图一看是九边请饷的，这是历来内阁大臣们最为头疼的事情，因为国库没钱，要发饷就得请皇帝发内帑，而请皇帝发内帑，根据过去的经验，不仅会被驳回，而且会得罪皇帝和内廷的太监们，这样的事情以前的内阁是能躲就躲，能推就推，实在推不了、躲不过，那就只能拖着不办。
九边欠饷的问题就这样，越来越严重，军卒们领不到饷银，没法养家糊口，之后上山落草当土匪，打家劫舍求生存了。明末的民变，就是因为加入了这些逃亡的边镇劲卒，最后才一发不可收拾。
所以施凤来、张瑞图接到这样的请饷折子以后，想都没想，就立马打回通政司，让通政司直接报给新成立的军机处。你军机处不是要分内阁的权力，专管天下军务吗？现在九边请饷的折子来了，给九边各镇的军队发饷银，这是妥妥的军务，必须交给军机处处理啊！这是施凤来为自己准备的说辞，想等到新成立的军机处弄不来银子，束手无策，年轻的皇帝请教内阁的时候，他就要对孙承宗这样说。
可惜的是
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