果禁军北返关中。李密为免腹背受敌，幸得秦琼拼死捍卫才得以脱险，救出李密后，秦琼收拢溃军与宇文化及军力战，终于将其击退。
唐武德二年二月，秦琼因不耻王世充奸诈的为人，与程咬金等人乘唐郑两军于九曲对阵之时投奔了李唐，被唐高祖李渊安排到秦王李世民府上任职。
武德四年三月，夏王窦建德与王世充结盟，率生力军十几万驰援洛阳。李世民留下李元吉等人继续围困洛阳，亲率秦琼等将领分兵前往虎牢关抵御窦建德。五月初，李世民留战马千余匹于黄河北岸放牧，让窦建德以为唐军草料将尽，诱其出击。次日清晨，窦建德全军自板渚出牛口列阵，逼近汜水向唐军挑战。李世民按兵不出，暗中召回战马，待到正午窦军士兵疲惫阵型骚乱才率军东涉汜水冲击敌阵。恰逢窦建德朝会群臣，军中一度慌乱，但稍作退却后很快发起反击。诸军混战中，秦琼、程咬金、史大奈、宇文歆等人随李世民凿穿窦军大阵，来到敌阵后方展开唐军旗帜，令窦军误以为己方已败，军心涣散下大败溃逃。最终窦建德被俘，王世充绝望之下也出城投降。破窦建德之战，秦琼率数十名精锐骑兵率先冲破窦军大阵，战后获封翼国公，又获赏赐黄金百斤、帛七千段。
同年七月，窦建德被斩首，其旧将惧怕唐朝报复，于是拥立刘黑闼为王起兵造反，半年之内收复了窦建德昔日所有领土。十二月，秦琼随李世民前往河北平叛。武德五年二月，在刘黑闼进军洺水途中，秦琼率军于列人将其击破。最终刘黑闼失败后，秦琼又被赏赐了许多物资。
武德九年，秦琼参与玄武门事变，随李世民诛杀李建成、李元吉，事后被拜为左武卫大将军，食实封七百户。
贞观十二年，秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李世民特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。
贞观十三年，秦琼改封为胡国公。十七年，李世民命阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。
资质：顶级
境界：先天七重
状态：限制”
史实中的秦琼确实很勇猛，但是并没有小说演义中那么厉害，估计是作者有意美化秦琼也说不定，但是即便是隋唐演义的秦琼他也不觉资质会超过顶级。
“系统，将秦琼直接召唤到青宇城。”
叮咚！
“顶级人杰秦琼已成功召唤至青宇城。”
如今两张顶级召唤卡已经使用了，总体结果来
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