逃走的忠心侍奉幕府的会津残兵所袭扰阻延，等撤退到京都城西南二十里的长冈时，被从大阪赶来的幕府援军，老中板仓胜静亲自率领的4万幕府联军和原本大阪一带的上万忠于幕府的军队前后夹击，双方在长冈一带一字排开展开混战，相互都死伤惨重。
反幕军死伤数千人，不过幕府军损失更大，但主将板仓胜静不在乎手下的死伤，拼命攻击，尽管战事实际占优势，反幕军还是狼狈撤往京都城。混乱中，炽仁亲王领着数百人往东南面的奈良方向逃走，只余桂小五郎领着反幕军抵达京都城外。
此刻，京都城内，已经是人心惶惶，一片慌乱。
桂小五郎拖着满身血污的身子刚刚入城，新朝廷的议定岩仓具视便领人迎了上来。
原本整个反幕派组建的新朝廷中，桂小五郎、高杉晋作和他岩仓具视三人结盟，成为实际的权利核心，掌控了新朝。而所谓的太政大臣兼总裁炽仁亲王，副总裁毛利敬亲和山内丰信，实际都已经被他们三人所掌控，只是推出来的傀儡掩人耳目而已。因此，在桂小五郎领兵出征大阪，而高杉晋作又亲自出使长崎，岩仓具视一人掌控新朝，压力很大。
他不是没想过趁两人不在，直接夺权，但转而一想，反幕派才联合起来建立新朝廷与幕府抗衡，又有中华帝国来干涉。如今情况实在是太过危急了，此时内讧，只会大家都没好下场，再加上桂小五郎掌控着长州藩的藩兵，那个高杉晋作又同自己一样，有振兴日本的理想，便压抑自己的想法，勉强应付。甚至，连长州藩藩主毛利敬亲、四国藩藩主山内丰信两人让人来暗示他们可以同他联合一起对付桂小五郎和高杉晋作两人，岩仓具视都没有理会，反而警告了两人，熄了他们的心思。
“小五郎君，情况万分危急！”岩仓具视来不及客套，直接摊牌：“外部，中华帝国的军队和九州藩兵联合出兵，并且分为多路进兵，一举进攻长州藩和四国藩。长州藩的核心驻地周防山口和荻城一带已经被其二万大军攻占，四国岛上的土佐藩藩厅高知城也被讨虏军和九州藩兵的联军所攻克。长州藩和四国藩的军舰也全部被其东洋舰队所摧毁，整个海面已经完全被中华帝国封锁。最紧要的是，连京都往长州藩的西归之路也被中华帝国的一支二万人的精兵所拦截，我们与长州藩的联系被切断。如今我亦不知该当如何是好，只能期盼晋作君那边能和那个中华帝国的特使交涉好，让中华帝国军队退兵！”
“而内部，整个京都乃至日本国，也都是风雨飘摇。长州藩和四国藩的两个藩主虽然
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