给他看病，得出的诊断结论不容乐观，只能将就调养着，难有痊愈的可能，希望很是渺茫。
在对待郭知章的任用上，武植与章淳也再次发生了冲突。礼部侍郎兼中书舍人的郭知章是唐朝大将郭子仪第十一世孙，生性耿直，行事不偏不倚。他是个中间派，即不偏向元祐旧党，也不投靠新党，其不站队的做法自然遭到了以章淳为首的新党的排斥打压，于元符二年（西元一零九九年）四月就被章淳等新党人以曾主导“河东流议”的罪名贬为集贤殿修撰，并贬黜出京城，知和州。事情得追溯到神宗熙宁十年(即西元一零七七年)，澶州黄河大决口，北流断绝，河道南移，百姓累受其害。哲宗亲政后，郭知章曾上书说：“自大河东北分流，生灵被害，今水之趋东者已不可遏，顺而导之，闭北而行东，其利百倍矣”。但黄河桀骜不驯，水患照样发生。新党就以此来作为对他进行攻击贬谪的借口。
武植知道郭知章是个刚正不阿且一心为国为民、能力卓越的好官，故此有意提拔他，意欲招他回京城，给予重用。但章淳就不干了，这个郭知章是他力主排斥出朝堂并贬出京城的，如今武植却要提拔重用他并还想把他调回京城来，这不是存心想恶心自己、让自己难堪吗？
对于此事，章淳与很多新党官员都极力反对，自然就与武植发生了激烈的冲突，双方分歧很大，吵得沸沸扬扬。
到最后，四个辅政大臣中的安焘和许将都倒向武植，两人原本就对章淳这个首相平日里打击报复的做法颇有微词，自然赞同和支持武植唯贤是举的做法。加上张商英和黄履、燕胜等朝廷重臣也都支持武植，章淳一下子就显得势单力孤了。皇太后自然也听从武植的提议，看到众多大臣都站在武植一边，就下旨把郭知章召回了京城，官复原职并加为宝文阁直学士，章淳反对无效！
八月初，郭知章回京复职，这让朝中文武百官们第一次惊奇地看到，章淳这个首相的权威在武植面前竟然形同虚设，毫无招架之力，武植，这个年纪轻轻的次相，其权势已经完全盖过了章淳的势头，能一言而决，大有取而代之的趋势！而且皇太后对武植更是言听计从，这让众人更加为之凛然！
在与武植数次的争斗中，章淳竟然都没能占据上风，屡屡败下阵来，这让章淳很是心惊，也感到很是沮丧。他难以想象，自己作为一人之下万人之上的首相，却斗不过一个后来居上的年轻后生，情何以堪啊！章淳再次感受到了无能为力的虚弱感，第一次有此感觉的就是在拥立新君时被向太后压制后的那个瞬间。
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