皇家科学院作为大明基础性研究的地方，是理论科学的重要输出地，也因此，朱厚照对皇家科学院的干涉反而要比皇家工程院要小得多。
朱厚照也没有指望着皇家科学院能在短时间内给自己带来什么经济上的盈利，他只希望大明的皇家科学院在科学理论建设上能够远超西方，从而使得大明今后可以引领世界发展。
朱厚照比谁都清楚，只有科学理论和观念上领先了世界，只有百姓的思想发生了转变，处在理论与实际两端下游的科学研究才能取得进步，并使得大明的国力远远越世界上的其他任何一个国家。
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