可以说，方腊起义失败的原因是多方面的，而最主要的原因还是在他自身。
方腊是以摩尼教起家，而在起义时又是借助南方民众受花石纲迫害的由头，这二者最后要融合在一起，难免不会造成冲突。
因而，在发展起义军时，方腊在很大程度上在强迫众人加入摩尼教。
起义军无弓箭、盔甲，只以鬼神那些隐秘难测的事互相煽动，烧房舍、掠金帛子女，诱逼良民加入队伍。人们安于太平，不识兵革，听到金鼓声就束手听命，不到十天就有数万人参加义军，
这支义军中，摩尼教徒成了骨干力量，其他人不过是在混水摸鱼，他们很难形成合力。
再者，方腊对外人信不过，大多情况下在用人唯亲。宰相方肥、大将军方七佛、太子方书、二太子方毫等等，他们都是方家人，也都占据着重要职务，因而对局势的发展起到至关重要的作用。只是，他们并不能统揽全局，甚至在管理和组织上缺乏能力，从而造成了起义军队伍的忙乱和无序，如此的队伍若能打好仗还真见了鬼。
还有一点，那就是方腊对局面过于乐观，对困难估计不足，甚至在军事上错误地采取了消极固守的对策，没有利用全国普遍发展起来的大好形势，采纳义军将领吕将提议的“直据金陵……先立根本，后商议攻取之计”的谋略。所以，当宋军占据了金陵、镇江两地的长江要道后，起义军便处于了被动地位。这也是农民起义军的至命弱点，他们只看到了眼前，却没考虑过长远，是属于目光短浅的一类。
最关键的一点实际上就是方腊起义的时机不对。宋王朝虽然已经腐朽透顶，赵佶也昏庸无能，甚至花石纲还激起了巨大的民愤，但是这对一直比较平和的宋王朝来说并不至命。
赵佶昏庸而不残暴，朝廷腐朽还能正常运转，就是花石纲也被归结个朱勔个人身上。所以，当方腊起义发动后，赵佶马上下达了一份罪己诏，同时撤销苏、杭造作局，停运花石纲，罢黜朱勔父子兄弟的官职，这在一定程度上把民心给收了回去。
当然，方腊的这次失败也与高峰的小动作有关，不过，关系并不大。
方腊的整个起义过程实际上与史上相差不多，最大的区别便是吴玠和丁宝的参与进来。
这二人虽然帮助方腊把南方收拢起来了，同时占据了数个州府，但他们只是为了自己势力的发展才如此，哪会去管方腊如何？
不过，高峰对方腊还是有另一种感情存在。这是宋王朝最大的一场农民起义，虽
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